Opłatę za przekształcenie stanowi różnica między prawem własności i użytkowania wieczystego pomniejszona o ewentualne upusty. Użytkownicy gruntów komunalnych i Skarbu Państwa, którzy liczyli, że ustawodawca wprowadzi dla nich wysokie bonifikaty, zawiodą się. Nowelizacja utrzymuje te na poziomie 50 proc. dla użytkowników wieczystych gruntów Skarbu Państwa (nie będzie już w przepisach 90-proc. upustu). Mogą z nich skorzystać osoby fizyczne, które prawo użytkowania wieczystego uzyskały przed 5 grudnia 1990 r., oraz ich następcy prawni. Nie ma przy tym znaczenia rodzaj nieruchomości. Natomiast użytkownicy gruntów komunalnych mogą liczyć na upust w wysokości 50 proc. jedynie w wypadku nieruchomości zabytkowych. W obu sytuacjach jednak właściciel gruntu może, jeżeli zechce, udzielić wyższej bonifikaty.
Ograniczenie przewidziane dla nieruchomości komunalnych to efekt wyroku Trybunału Konstytucyjnego z 26 stycznia 2010 r. Sędziowie TK uznali, że nie można gminom w ustawie narzucać bonifikat. Wyrok wszedł w życie 9 sierpnia tego roku. Od tej daty przestały obowiązywać wspomniane upusty dotyczące gruntów komunalnych.
Nowelizacja wykreśla natomiast bonifikaty w wysokości 90 proc. dla nieruchomości Skarbu Państwa.
Użytkownicy wieczyści, którzy przekształcą grunt z bonifikatą, muszą pamiętać, że przez pięć lat nie mogą sprzedać nieruchomości. Jeżeli jednak się na to zdecydują, będą musieli zwracać przyznany im upust.
Uwaga! Na rozpatrzenie ciągle czeka wiele wniosków użytkowników wieczystych gruntów komunalnych złożonych przed 9 sierpnia, czyli przed wejściem w życie wyroku TK, kiedy obowiązywały jeszcze bonifikaty w wysokości 90 proc. i 50 proc.