W swoim bogatym życiorysie Krzysztof Penderecki ma bowiem także okres, kiedy był Jego Magnificencją Rektorem i to spory szmat czasu, bo Akademią Muzyczną w Krakowie kierował od 1972 roku 15 lat. Podjął się tego zadania niezbyt chętnie, na próbę środowiska muzycznego, unikał codziennego administrowania, którego nie znosił, natomiast w sposób istotny unowocześnił programowo krakowską uczelnię, organizował festiwale i spotkanie muzyczne, a akademia nawiązała rozmaite kontakty zagraniczne.
Pracę pedagogiczną zajmował się natomiast niemal od początku, asystentem w krakowskiej szkole został już w 1957 roku. Był jednak pedagogiem nietypowym. – Poznałem go jeszcze w średniej szkole muzycznej – opowiadał w książce „Pasja" Stanisław Radwan, jeden z jego wychowanków, dziś wybitny twórca muzyki teatralnej. – Przyszedł zastąpić chorego nauczyciela. I z miejsca wypalił: „Harmonii możecie nauczyć się sami, bo to matematyczna precyzja. Ja wam opowiem o odstępstwach od reguły".
Takie podejście było w owych czasach czymś niespotykanym. Wykłady o muzyce współczesnej kończyły się wówczas w szkołach na Bartoku, on od niego zaczynał i szedł znacznie dalej, ku twórcom zdecydowanie bliższym współczesności.
Niechętnie natomiast opowiadał o swojej twórczości, uważał bowiem, że narzucanie własnych wzorów może być dla kandydata na kompozytora bardzo niebezpieczne. Umiał natomiast drobnymi złośliwościami w rodzaju „A toś sobie pomógł Brahmsem w Bachu" trafnie zwrócić uwagę na błędy. Najzdolniejszym natomiast załatwiał zamówienia z teatru czy filmu, by nie pisali wyłącznie do szuflady, a zmierzyli się z realnymi zadaniami,
– Mówił też: „Jeśli coś jest zapisane, nie psuj tego poprawkami" – wspominał Stanisław Radwan. – Uperfekcyjnianie z reguły powoduje niekomunikatywność i wymądrzanie utworu. Podczas jednego z egzaminów mieliśmy w pięć godzin napisać fugę. Po dwóch zabrał z mojej ławki papier nutowy. Myślałem, że go zabiję, bo dopiero dziełko szkicowałem. Ale za trzy dni pokazał mi, co zapisałem i zapytał: „No i co byś dodał?". Rzeczywiście, fuga klarowna i nieźle brzmiała.
