Oficjalne stosunki dyplomatyczne zostały nawiązane w marcu 1919 roku, w przełomowym dla Polski momencie dziejowym, kilka miesięcy po odzyskaniu niepodległości. Japonia jako pierwszy kraj w Azji i piąty na świecie (po USA, Francji, Wielkiej Brytanii i Włoszech) uznała Polskę jako niepodległe państwo. Od tego czasu mimo znacznej odległości geograficznej nasze kraje tradycyjnie łączą więzy przyjaźni i dobrej woli. Nawet wtedy, gdy podczas II wojny światowej (grudzień 1941 r.) stosunki dyplomatyczne zostały zerwane i znaleźliśmy się w przeciwnych obozach, trwała japońsko-polska współpraca wywiadów wojskowych.
Po zmianie ustroju w Polsce w 1989 roku, Japonia w ramach programów wsparcia gospodarczego (ODA) wymiernie pomagała Polakom, dążącym do budowy nowoczesnego państwa. Odtąd z każdym rokiem coraz bardziej rozwija się współpraca między naszymi krajami, m.in. w dziedzinie polityki, bezpieczeństwa, nauki i kultury. Stale rośnie także wymiana turystyczna. Jednak historia naszych relacji wykracza poza 100 lat.
Pierwszym Japończykiem, który postawił stopę na ziemiach polskich, był major Yasumasa Fukushima, odbywający samotną podróż konną z Berlina do Władywostoku. Według źródeł historycznych, miał na celu zdobycie informacji na temat Rosji. Było to w 1892 roku: 24 lutego dotarł do Warszawy, uporządkowanej, gwarnej i ożywionej – jak pisał – stolicy wolnej niegdyś Polski.
Szczególne wrażenie wywarł na nim Zamek Królewski, świadczący nie tylko o świetności dawnego królestwa polskiego, ale także o wysokiej kulturze Polaków (E. Pałasz-Rutkowska, A.T. Romer „Historia stosunków polsko-japońskich 1904–1945", Biblioteka Fundacji im. Takashimy, Wydawnictwo TRIO, Warszawa 2009, s. 39). Dzięki Fukushimie, który podczas swojej podróży prowadził szczegółowe zapiski, Japończycy dowiedzieli się o Polsce i jej tragicznych losach pod zaborami.
Bracia Piłsudscy i Japonia
W 1904 roku, podczas wojny japońsko-rosyjskiej, Józef Piłsudski i Roman Dmowski pojechali do Japonii, gdzie spotkali się z przedstawicielami Ministerstwa Spraw Zagranicznych i Sztabu Generalnego, nawiązując pierwsze kontakty między naszymi krajami. Piłsudski chciał m.in. uzyskać wsparcie finansowe na rzecz powstania przeciwko Rosji w Królestwie Polskim. Uważał, że taka współpraca będzie korzystna dla Japonii, gdyż osłabi siły rosyjskie na Dalekim Wschodzie. Dmowski był przeciwny temu rozwiązaniu.