Schemat głównej ekspozycji Muzeum Jana Pawła II i Prymasa Wyszyńskiego

Strefa A: plac Zwycięstwa (1979)

Miejsce się zmienia, ale pozostaje świadkiem minionych wydarzeń. Symbolizuje jedność narodu wokół osoby Ojca Świętego.

Strefa B: Powołanie (1901 – 1945)

Dorastanie do powołania obu bohaterów w II RP i w konfrontacji z dwoma totalitaryzmami podczas II wojny światowej.

Strefa C: Ziarno, które musi obumrzeć (1945 – 1956)

Opowieść o uwięzieniu Prymasa i prześladowaniach Kościoła przez reżim komunistyczny.

Strefa D: Millennium – narodowe wyznanie wiary (1956 – 1966)

Polska droga do „zwycięstwa przez Maryję". Wielkie narodowe rekolekcje będące znakiem wolności kraju rządzonego przez komunistów.

Strefa E: Za żelazną kurtyną (1966 – 1978)

Kościół polski darem dla Kościoła powszechnego. Uniwersalna rola dwóch wielkich hierarchów.

Strefa F: Gaude Mater Polonia (1978 – 1981)

Wybór Karola Wojtyły na papieża. Doświadczenie jedności Polaków podczas I pielgrzymki i powstania ruchu „Solidarność".

Strefa G: Konfrontacja z Imperium Zła (1981 – 1989)

Zamach na papieża i śmierć Prymasa w maju 1981 r., męczeństwo księży oraz nadzieja, jaką przynosi Polsce Jan Paweł II.

Strefa H: Dar wolności (1989 – 2005)

Jan Paweł II jako patron wolności Polski i świata. Papież wobec wyzwań współczesnej cywilizacji.

Strefa I+J: Kościół zbudowany na skale miłości. Wstańcie, chodźmy (1978 – 2005)