Był w młodości silnie zaangażowany w opozycję demokratyczną (jeszcze przed 1980 r.), potem w „Solidarność” legalną, następnie w podziemną. Był duchownym katolickim obrządków ormiańskiego i łacińskiego, działaczem społecznym i historykiem Kościoła.
Równolegle do zmagań z SB i komunizmem ks. Isakowicz-Zaleski zaangażował się w pomoc osobom niepełnosprawnym. Z inspiracji nieżyjącego już Stanisława Pruszyńskiego postanowił stworzyć ośrodek dla osób niepełnosprawnych umysłowo. W 1987 r. Zofia Tetelowska postanowiła przeznaczyć na ten cel swój rodzinny dwór w Radwanowicach. Tak narodziła się Fundacja Brata Alberta.
W latach 90. ks. Isakowicz-Zaleski mógł wreszcie wyjechać do Rzymu i ukończyć studia w Papieskim Kolegium Ormiańskim. Ówczesny prymas Józef Glemp mianował go duszpasterzem Ormian w archidiecezji krakowskiej, a potem ich duszpasterzem w Małopolsce Południowej.
Kolejny raz o księdzu stało się głośno, gdy w wydanej w 2012 r. książce „Chodzi mi tylko o prawdę" (zapis rozmowy z Tomaszem P. Terlikowskim) poruszył temat homoseksualizmu wśród duchownych.
O tym, co po 1943 r. działo się na Wołyniu i w Małopolsce Wschodniej, na Kresach II Rzeczypospolitej, wiedział z żywej relacji ojca. Jan Zaleski, polski filolog, urodził się w zubożałej rodzinie szlacheckiej w Monasterzyskach. Gdy UPA rozpoczęła czystki etniczne na tych terenach, miał 17 lat. Ks. Isakowicz-Zaleski w rozmowie z „Plusem Minusem" wspomina, że jego ojciec był świadkiem zabijania Polaków przez ich ukraińskich sąsiadów, zebrał też wiele wspomnień mieszkańców Kresów, którzy zdołali przetrwać rzeź wołyńską. Zapiski te, wraz z jego pamiętnikami trafiły do szuflady. Syn jednak nigdy nie zapomniał o dziedzictwie ojca.
Ks. Isakowicz-Zaleski. Kapłan spraw trudnych
Nie jestem politykiem, walczę o prawdę – mówi ks. Tadeusz Isakowicz-Zaleski. Choć w czasach PRL był prześladowany, twierdzi, że walka o upamiętnienie ofiar rzezi wołyńskiej jest najtrudniejszym bojem, jaki przyszło mu w życiu toczyć.
