Nieprawidłowości dotyczyły także sprawności realizacji procedur uchodźczych, które zdaniem Izby mogą się jeszcze dodatkowo wydłużyć poprzez nowo wprowadzony rozdział postępowań o nadanie statusu uchodźcy.
Oddziały i Placówki Straży Granicznej przyjmowały od cudzoziemców wnioski o nadanie statusu uchodźcy zgodnie z obowiązującymi procedurami. Nie sporządzano natomiast dokumentów, potwierdzających realizację innych czynności przewidzianych do wykonania w związku z przyjmowaniem takich wniosków, nie prowadzono ich ewidencji ani nie dokumentowano czynności realizowanych przy ich przyjmowaniu. Po przekazaniu dokumentów Szefowi Urzędu do Spraw Cudzoziemców nie można było ustalić, czy i jakie czynności zostały przez Straż Graniczną wykonane, a co za tym idzie - ocenić, czy czynności te zostały wykonane prawidłowo i rzetelnie.
Kontrola NIK wykazała, że Szef Urzędu do Spraw Cudzoziemców rozpatrywał wnioski i wydawał decyzje rozstrzygające o nadaniu statusu uchodźcy w prowadzonych postępowaniach administracyjnych. Jednak 34 proc. spraw kończono z przekroczeniem podstawowego sześciomiesięcznego terminu, a postanowienia o nowym terminie zakończenia postępowania w 41 proc. przypadków nie miały uzasadnienia faktycznego - sankcjonowały jedynie bezczynność organu. Takie działanie Urzędu było niezgodne z obowiązującymi przepisami: rozstrzygnięcia w poszczególnych sprawach się odwlekały, a aplikującym trzeba było dłużej zapewniać świadczenia socjalne.
W Departamencie Postępowań Uchodźczych Urzędu stwierdzono liczne przypadki podejmowania czynności, zmierzających do wydania decyzji o umorzeniu postępowania, dopiero po upływie dwóch lub więcej miesięcy od momentu faktycznego wystąpienia merytorycznych przesłanek do wszczęcia postępowania. Przyczynami opóźnień były z jednej strony braki kadrowe w Urzędzie do Spraw Cudzoziemców, z drugiej zaś niewłaściwie zorganizowany wewnętrzny system wymiany informacji. Co prawda w Urzędzie wprowadzono procedury analizowania jakości postępowań w sprawach uchodźców, jednak system ten był mało skuteczny, a opracowywanych rekomendacji nie stosowano w praktyce.
Organy uczestniczące w procesie udzielania cudzoziemcom ochrony międzynarodowej miały obowiązek prowadzenia rejestrów w sprawach cudzoziemców. Szef Urzędu do Spraw Cudzoziemców prowadził krajowy zbiór rejestrów w sprawach cudzoziemców w wymaganym zakresie. Natomiast organy Straży Granicznej zrezygnowały z prowadzenia rejestrów na bazie własnych systemów informatycznych i przyjęły rozwiązanie wprowadzania danych bezpośrednio do krajowego zbioru rejestrów, prowadzonego przez Szefa Urzędu. Przyjęcie takiego rozwiązania nie zapewniało jednak możliwości gromadzenia, edytowania i przetwarzania danych w zakresie niezbędnym do realizacji zadań ustawowych Straży Granicznej.