Zdaniem Najwyższej Izby Kontroli, kolejni ministrowie nie wykonali połowy z 18 zadań, w tym np. prac związanych z programem energetyki jądrowej, wynikających z „Polityki energetycznej Polski do 2025 r.“ Według NIK przy tworzeniu grup energetycznych (Enei, Turonu, Energi i PGE) nie trzymano się rządowych programów. Tak było w przypadku Enei, do której nie włączono kopalni Bogdanka, na skutek protestów tej ostatniej. Odchylenia od programów powodowały nieprzewidziane koszty. NIK krytykuje odejście od prywatyzacji Zespołu Elektrowni Dolna Odra i kilku elektrociepłowni. Zdaniem Izby, ich sprzedaż dałaby ponad 2 mld zł do budżetu.
Choć –jak stwierdza NIK –restrukturyzacja branży była konieczna, podczas prac nad nią, prowadzonych głównie w latach 2006-2007, nie pomyślano o mechanizmach ograniczających ryzyka wynikające z utworzenia grup kapitałowych, dominujących na polskim rynku energii. Po tym, jak operatorami systemów dystrybucji (czyli spółkami zarządzającymi funkcjonowaniem sieci) zostały poszczególne przedsiębiorstwa, prezes URE nie ma jak egzekwować niezależności operatorów, ani zapewniać wytwórcom niedyskryminującego dostępu do sieci dystrybucyjnych. Według NIK, sytuacja może skomplikować się jeszcze bardziej po prywatyzacji grup energetycznych, bo sieci dystrybucyjne znajdą się całkiem poza kontrolą państwa.
- Raport NIK wytyka braki w zakresie braku implementacji prawa unijnego. Cierpi na tym konkurencja i bezpieczeństwo energetyczne. Na usprawiedliwienie można tylko powiedzieć, że nie jesteśmy w Europie wyjątkiem. Nie można jednak oglądać się w nieskończoność na europejskich maruderów i opóźniać procesu liberalizacji tak jak Francja czy Niemcy, musimy przestać grać w "kotka i myszkę" ze Wspólnotą Europejską i wprowadzić rozwiązania prorynkowe szybko i efektywnie – podsumowuje Mariusz Swora, prezes URE.
W raporcie podsumowującym kontrolę, przeprowadzoną przez NIK z własnej inicjatywy od lutego 2008 r. do stycznia 2009 r., kiepsko wypada też działalność kolejnych ministrów skarbu pod względem prywatyzacji energetyki. NIK zarzuca resortowi skarbu, że chociaż do końca 2008 r. miała zakończyć się prywatyzacja grup energetycznych, to póki co udało się sprywatyzować tylko jedną z nich – Eneę, i to niezgodnie z regułami sztuki. - Przy wyborze doradcy naruszono procedury, zawarto też z nim niekorzystną umowę – mówi „Rz“ Paweł Biedziak, rzecznik NIK. Wynagrodzenie za obsługę oferty publicznej Enei ustalono na poziomie 1,8 proc. wartości objętych akcji, nie uwzględniając dużej skali emisji. Ponieważ z giełdy pozyskano 1,94 mln zł, w efekcie zapłata dla firmy doradczej wyniosła prawie 35 mln zł. Gdyby zastosowano wysokości prowizji proponowane przy poprzedniej próbie wprowadzenia spółki na giełdę – w 2004 r. – cena usługi wyniosłaby tylko 3 mln zł.
Opieszale – jak określają to autorzy raportu – do prywatyzacji przygotowywały się dotąd też dwie inne spółki, Tauron i Energa, a nadzorujący je minister skarbu robił niewiele, aby przyspieszyć te prace, co uznano za nierzetelność.