Jednym z głównych zagadnień powracających w debacie nad referendum konsultacyjnym jest podział władz, sprowadzany często do dyskusji o wyższości modelu parlamentarno-gabinetowego nad prezydenckim lub odwrotnie. W dyskusjach bardziej pogłębionych wprowadza się jeszcze rozważanie zalet systemu kanclerskiego. Niezależnie od preferencji ustrojowych funkcjonowanie systemu zaprojektowanego i przyjętego w konstytucji z 1997 r. wskazuje, że konieczne są przynajmniej korekty. Przykładem braku spójności ustrojowej w obecnej ustawie zasadniczej może być jedna z najważniejszych, jak mogłoby się wydawać, prerogatywa prezydenta RP, umożliwiająca mu występowanie z inicjatywą ustawodawczą. Warto ten temat podjąć, choćby dlatego, że niebawem w życie wejdzie ustawa o Sądzie Najwyższym, uchwalona z inicjatywy prezydenta.
Inicjatywa ustawodawcza wydaje się jedną z ważniejszych, jeżeli nie najważniejszą prerogatywą prezydenta RP, bo daje mu pozytywny wpływ na system prawa poprzez kreowanie pożądanych rozwiązań. Inne jego kompetencje prawodawcze mają, z wyjątkiem wydawania aktów wykonawczych, charakter negatywny, skutkujący zwróceniem ustawy Sejmowi lub przekazaniem jej Trybunałowi Konstytucyjnemu do zbadania. Inicjatywa ustawodawcza pozwala też prezydentowi podjąć próbę wywiązania się z wyborczych zobowiązań.
W praktyce jednak niesie wiele wyzwań i problemów. Pierwszym, o czym już pisałem, jest skromny aparat ekspercki, zwłaszcza jeżeli porówna się go z zasobami oddanymi do dyspozycji Rady Ministrów i poszczególnych ministrów. W ministerstwach powołane są jednostki organizacyjne wyspecjalizowane w pisaniu projektów ustaw z danej gałęzi prawa. Są też inne ciała wspierające, jak Rada Legislacyjna czy Rządowe Centrum Legislacji. W administracji prezydenckiej zajmuje się tym najwyżej kilkanaście osób. Wnioskiem wcale nie musi być rozbudowa administracji prezydenckiej, raczej przemyślenie, czy urząd głowy państwa został wyposażony w realne narzędzia pozwalające korzystać z powierzonych prerogatyw.
Zestawienie uprawnień prezydenckich i rządowych, a zwłaszcza pragmatycznej strony ich wykonywania, wskazuje na trudność w wyodrębnieniu obszarów, którymi prezydent mógłby się zająć bez narażenia się na opór ministra odpowiedzialnego za dany dział administracji rządowej. Owszem, w praktyce ustrojowej ostatnich dwudziestu lat da się wyodrębnić zagadnienia powierzone głowie państwa, jak choćby ustawodawstwo dotyczące orderów i odznaczeń. Nie wpływają one jednak na życie obywateli. Próba złożenia do laski marszałkowskiej projektu z każdej innej dziedziny musi być skonsultowana z właściwym ministrem.
Od dłuższego już czasu w różnych analizach wskazuje się różne wady resortowości naszego państwa. Ministrowie i ich urzędnicy strzegą swoich działów administracji rządowej, bacząc, by nikt nie próbował wprowadzać jakichkolwiek rozwiązań prawnych w przydzielonym im obszarze problemowym. Posłowie zresztą liczą się zwykle z opiniami ministrów, dlatego jest mało prawdopodobne, że przyjmą projekt, któremu stanowczo sprzeciwiałby się minister odpowiedzialny za dany resort. Naturalnie z problemem tym musi mierzyć się także głowa państwa, kiedy opracowuje projekt ustawy wykraczający poza wspomniany wyżej wąski zakres. Dzieje się tak nie tylko w okresie koabitacji, kiedy opór parlamentu i rządu wobec projektów prezydenckich wydaje się czymś zupełnie normalnym, ale także w okresie, kiedy władza ustawodawcza i cała władza wykonawcza jest w rękach tych samych stronnictw politycznych.
