Do aresztowania doszło po tym, jak sąd w Katmandu wydał nakaz aresztowania Mahary w związku z oskarżeniami pod jego adresem.
Należący w przeszłości do maoistycznych rebeliantów Mahara twierdzi, że jest niewinny, a oskarżenia pod jego adresem są nieprawdziwe.
Kobieta oskarża Maharę o to, że ten, będąc pod wpływem alkoholu, zmusił ją do stosunku seksualnego. Do gwałtu miało dojść w mieszkaniu kobiety.
- Nie sądziłam, że do tego dojdzie. Zmusił mnie... wyszedł, gdy powiedziałam, że wezwę policję - mówiła kobieta w rozmowie z lokalnymi mediami.
Mahara był głównym negocjatorem ze strony maoistów podczas rozmów pokojowych z 2006 roku, które zakończyły trwającą w Nepalu wojnę domową.
Przewodniczącym parlamentu został po tym, jak sojusz maoistów z komunistami wygrał wybory parlamentarne w 2017 roku.
Ze stanowiska zrezygnował we wtorek ponieważ - jak mówił - chciał w ten sposób "ułatwić przeprowadzenie uczciwego procesu w sprawie oskarżeń, które stawiają pod znakiem zapytania jego charakter".
Ustąpienia przewodniczącego parlamentu domagała się rządząca krajem Partia Komunistyczna Nepalu.
Jak podkreśla BBC sytuacja, w której tak ważny polityk w Nepalu trafia do aresztu w związku z podejrzeniami o napaść seksualną jest bezprecedensowa.