Zgodnie z ugruntowanym podejściem urzędów skarbowych do zwolnień w CIT uzyskiwanych na podstawie zezwolenia na prowadzenie działalności gospodarczej w specjalnej strefie ekonomicznej, które przyjęło formę decyzji o wsparciu wydawanej na podstawie ustawy o wspieraniu nowych inwestycji w ramach Polskiej Strefy Inwestycji, obejmowało cały dochód z działalności prowadzonej na podstawie zezwolenia (decyzji o wsparciu).
Czytaj także: Specjalna strefa ekonomiczna - sporadyczna dostawa nie pozbawia zwolnienia z CIT
W świetle nowo wydanych indywidualnych interpretacji (np. z 21.05. 2019, 0114-KDIP2-3.4010.55.2018.2.MS i 22.05.2019, 0111-KDIB1-3.4010.113.2019.1.APO) nastąpiła zmiana w podejściu fiskusa, który zwolnienie od podatku dochodowego zaczął wiązać nie z działalnością beneficjenta zwolnienia na określonym obszarze, a z dochodami uzyskanymi w związku z realizacją nowej inwestycji, podstawy przyznania pomocy w postaci zwolnienia od podatku. Wszystko do wysokości limitu przyznanej pomocy publicznej. Argumentując odejście od dotychczasowej interpretacji, dyrektor KIS powołuje się na konieczność wykładni prawa z uwzględnieniem szerszego kontekstu, w tym reguł pomocy publicznej (regionalna pomoc inwestycyjna). Zarazem wskazywany jest cel udzielanego wsparcia tj. wprowadzenie mechanizmu wsparcia stymulującego przedsiębiorców do nowych inwestycji (tworzenie nowych zakładów lub reinwestycje). Zgodnie z tym stanowiskiem pomoc w postaci zwolnień powinna obejmować nie cały dochód z działalności, której dotyczy decyzja o wsparciu, a jedynie ten uzyskany w związku z realizacją celu zwolnienia, tj. nowej inwestycji.
Ta zmiana spowodowała, że odezwały się głosy zaskoczenia i krytyki m.in. doradców finansowych i podatkowych.
Uwzględniając dotychczasową praktykę i jej konsekwencje, warto zauważyć, że zwolnienie z CIT udzielane czy na podstawie decyzji o wsparciu, czy zezwolenia na wykonywanie działalności gospodarczej w SSE stanowi de facto pomoc publiczną dla przedsiębiorców udzielaną w ramach regionalnej pomocy inwestycyjnej i trudno od tego abstrahować. Zgodnie unijną definicją z rozporządzenia 651/2014 (tzw. wyłączenia blokowe) regionalna pomoc inwestycyjna oznacza tę przyznawaną na inwestycję początkową lub inwestycję początkową na rzecz nowej działalności. Zasady i mechanizm jej przyznawania wiąże się właśnie z kosztami konkretnej inwestycji początkowej. Na tej podstawie wyznaczana jest też wysokość udzielanej w danym przypadku pomocy, która z kolei wiąże się z zasadą proporcjonalności i niezbędności obowiązującą przy udzielaniu pomocy publicznej.
