Z pewnością rodzi się pytanie dlaczego Polska, pomimo wcześnie zastosowanej i w początkowej fazie skrupulatnie przestrzeganej przez Polaków izolacji, nie opanowała epidemii, tak jak to się udało w innych krajach europejskich? Dlaczego krzywa dziennych zachorowań wśród wszystkich krajów Unii Europejskiej tylko w Polsce nie miała charakterystycznego wzrostu z następowym spadkiem? U podstaw niepowodzenia w tym zakresie leży słabość polskich służb sanitarnych. Przez wiele lat były one nielubianą, z trudem tolerowaną przez personel medyczny „policją sanitarną”, która karała placówki medyczne za niestosowanie się do przepisów sanitarnych, co często spowodowane było nieadekwatnym do rzeczywistych kosztów finansowaniem sektora zdrowia. Kontrolerzy nie wyciągali poważnych konsekwencji w stosunku do publicznej służby zdrowia, gdyż trudno było zamykać placówki w kraju cierpiącym na ich niedostatek. Po 30 latach od upadku w Polsce sowietyzmu w nadzorze sanitarnym wciąż obowiązywała zasada, że jedni udawali, że sprawdzają realizację przepisów a drudzy udawali, że je respektują.
Epidemie są sprawdzianem jakości i sprawności służb sanitarnych. Wynikające z wymogów unijnych zmiany ustawodawcze znacząco wzmocniły w ostatnich latach pozycję Sanepidu w kontroli chorób zakaźnych, która jest ważnym elementem bezpieczeństwa publicznego. W kolejnych nowelizacjach Ustawy o chorobach zakaźnych Sanepid stał się w pełni odpowiedzialny za ich zapobieganie, wykrywanie, rejestracje i ograniczanie. Tradycyjnie, zmianom w prawie i przesunięciom obowiązków do pionu sanitarnego nie towarzyszyły w Polsce odpowiednie reformy umożliwiające realizację powierzonych im zadań. Rozszerzenie odpowiedzialności winno pociągać za sobą adekwatne nakłady finansowe, zmiany kadrowe, organizacyjne i strukturalne. Pandemia uwidoczniła słabości systemowe w tym pionie.
Główny Inspektorat Sanitarny nie stanowi w Polsce ważnego centrum eksperckiego kreującego zalecenia postępowania w chorobach zakaźnych, tak jak to czynią jego odpowiedniki w Europie i w Stanach Zjednoczonych. Centrum Profilaktyki i Kontroli Zakażeń w USA odgrywa niezwykle ważną rolę merytoryczną, opracowując szczegółowe, regularnie nowelizowane, bardzo cenione w świecie medycznym rekomendacje. Instytuty naukowe i uniwersytety medyczne nie widziały w Głównym Inspektoracie Sanitarnym partnera w tworzeniu standardów postępowania medycznego w zakresie chorób zakaźnych. W kształceniu przed i podyplomowym brakowało obowiązujących i respektowanych standardów postępowania opracowanych przez GIS. Z tego powodu GIS często był lekceważony przez lekarzy, gdyż, w przeciwieństwie do innych krajów, w Polsce nie odgrywał on roli opiniotwórczej.
Od początku pandemii brakowało jasnych, merytorycznych, profesjonalnie przygotowanych rekomendacji w konkretnych sytuacjach, które miałyby moc prawną. Personel medyczny w szpitalach i poradniach nie wiedział jak postępować z chorymi, jak się chronić przed wirusem, jak dezynfekować sprzęt, sale, zwłoki itp. W internecie poszukiwano niezbędnych informacji, nie wiedząc, które z nich są prawdziwe. Z zazdrością patrzono jak w innych krajach liderzy szybko i profesjonalnie wywiązywali się z tych obowiązków. Główny Inspektorat Sanitarny nie mógł jednak sprostać temu zadaniu z powodu braków kadrowych zdolnych do ich udźwignięcia. W instytucjach, których zadaniem jest dbanie o bezpieczeństwo sanitarne kraju zatrudniona jest świetnie wyszkolona śmietanka intelektualna. Ranga tych instytucji i atrakcyjność finansowa powodują, że pracują w nich najlepsi profesorowie, znakomici eksperci, którym stworzono warunki do rozwoju naukowego. Brak odpowiednio przygotowanej merytorycznie kadry uniemożliwił szybkie reagowanie na zmieniającą się sytuację epidemiologiczną, opracowanie zasad postępowania dla klinicystów, doradzanie politykom rozwiązań optymalnych z ekonomiczno-naukowo-medycznego punktu widzenia. Pandemia pokazała jak ważne jest posiadanie intelektualnego centrum zarządzania epidemią, działającego nie tylko w czasie kryzysu.
Problemem była również niemożność realizacji powierzonych Sanepidowi zadań w terenie. Niedostatecznie liczne, nie zawsze odpowiednio przygotowane, wyposażone i motywowane kadry nie realizowały w pełni powierzonych im zadań. Zaskakujący jest brak w XXI wieku informatyzacji pionu sanitarnego czy pisane ręcznie protokoły pokontrolne. Gdy liczba zachorowań wzrasta do tysięcy dziennie a kontakty liczone są w setkach tysięcy zarządzanie pandemią bez sprawnego systemu informatycznego staje się niemożliwe. Służbom sanitarnym z nie można zarzucić braku pracowitości, ofiarności i zaangażowania. Wykonali oni ogromną pracę, ale pomimo to nie przejęli kontroli nad zakażeniem. Mnożyły się błędy ludzkie, które były wynikiem zaniedbań systemowych w przygotowaniu i wyposażeniu całego pionu. Przy posiadanych zasobach kadrowych i sprzętowych Sanepid nie był w stanie ograniczyć szerzenia się zakażenia. Do opanowania epidemii nie wystarcza dotarcie do sporej części kontaktów z zakażonym i objęcie nadzorem jedynie fragmentu potencjalnie zakażonej populacji. Zabrakło szczelności w nadzorze sanitarnym, niezbędnej w czasach epidemii, tak jak to się udało zrealizować we wszystkich krajach unijnych, ale także w innych państwach uboższych niż Polska. Zrzucanie jednak odpowiedzialności na Sanepid za taki stan rzeczy przypominałoby oskarżanie polskiej armii, że nie sprostała armii niemieckiej w kampanii wrześniowej 39. roku. Konieczna jest głęboka reorganizacja pionu sanitarnego, aby był w stanie sprostać powierzonym im zadaniom. Czekają nas bowiem kolejne epidemie, które, jak mogliśmy się przekonać, stanowić będą zagrożenie nie tylko zdrowotne ale i ekonomiczne.