Światową sławę przyniósł mu esej „Zderzenie cywilizacji?” opublikowany w 1993 roku w prestiżowym „Foreign Affairs”, a potem rozbudowany i wydany w formie książkowej.
Huntington wywołał burzliwą dyskusję swym twierdzeniem, że u podstaw światowych konfliktów leżą odwieczne tarcia między wrogimi sobie cywilizacjami o odrębnych tożsamościach – na przykład między Zachodem i islamem. Jego teza stała w sprzeczności z popularnym wówczas przekonaniem o nieuchronnym globalnym postępie demokracji.
Krytycy zarzucali mu zbyt daleko idące uproszczenie wizji świata i utrwalanie groźnych stereotypów. Wydarzenia 11 września 2001 roku i następnych lat dla jednych były potwierdzeniem niezwykłej przenikliwości jego umysłu, dla innych – zaraźliwości jego niebezpiecznych teorii.
Miał 81 lat.
