Aleksy II, który stał na czele Cerkwi prawosławnej od 1990 roku, był twarzą odrodzonego Kościoła. Za jego rządów Cerkiew, zepchnięta w czasach komunizmu do ciemnego kąta, zaczęła odzyskiwać utraconą rolę polityczną i społeczną. W pamięci Polaków patriarcha zapisał się jednak przede wszystkim jako zażarty wojownik z katolickim prozelityzmem i hierarcha, który nie dopuścił do wizyty Jana Pawła II w Rosji.
[srodtytul]Chwalił Putina[/srodtytul]
Strącona z państwowego piedestału przez bolszewików, prześladowana w czasach sowieckich i – choć już niezależna – ciągle jeszcze słaba w pierwszych latach nowej Rosji Cerkiew zaczęła wracać do łask za prezydentury Władimira Putina. Mówiono o „symfonii” państwa i Kościoła, ale szybko okazało się, że o żadnej symfonii nie może być mowy. Władimir Putin, stojąc na czele państwa, nie dopuściłby do sytuacji, w której rząd dusz sprawowałby ktokolwiek poza nim. Cerkiew zaczęła wprawdzie być coraz bardziej widoczna w życiu publicznym, ale miało to swoją cenę. W zamian za dostęp do owczarni, musiała pójść na kompromisy z władzą.
Kościół, choć oficjalnie nie zajmuje się polityką, nie ukrywa swych sympatii. Aleksy II niejednokrotnie chwalił prezydenta Putina za jego osiągnięcia i zasługi dla odbudowy Rosji i zachęcał do głosowania na wskazanego przez niego kandydata na prezydenta – Dmitrija Miedwiediewa.
Władze nie pozostawały mu dłużne. Wywodzący się z ateistycznego aparatu bezpieczeństwa Putin jako prezydent zaczął nagle chadzać do cerkwi i demonstrować religijność. Swoich podwładnych na Kremlu dyscyplinował, by robili to samo.