Aleksy II zmarł w piątek w wieku 79 lat w swojej rezydencji w podmoskiewskim Pieriediełkinie. O jego śmierci Rosjanie dowiedzieli się, słysząc cerkiewne dzwony.
Przyczyną śmierci patriarchy Rosji i Wszechrusi były „zaburzenia akcji serca”. Aleksy II poważnie chorował, przeszedł kilka zawałów. W 2002 roku doznał udaru, a według rosyjskich mediów w 2007 roku przeżył śmierć kliniczną. Nieoficjalnie mówi się, że zostanie pochowany w Soborze Bogojawleńskim (Objawienia Najświętszej Marii Panny) w podmoskiewskim Jełochowie.
Decyzję w sprawie pogrzebu ma w sobotę podjąć Święty Synod rosyjskiej Cerkwi. Synod ma też zadecydować, kto będzie – do wyboru nowego patriarchy – kierował Rosyjskim Kościołem Prawosławnym. Zgodnie z obowiązującą hierarchią osobą numer dwa w Cerkwi jest metropolita kijowski. – Niewykluczone, że właśnie metropolita Wołodymyr będzie kierował Kościołem – powiedział „Rz” rzecznik Ukraińskiego Kościoła Prawosławnego podporządkowanego patriarchatowi moskiewskiemu Wasilij Anisimow. Z początku spodziewano się, że to właśnie on zwoła Święty Synod. Okazało się jednak, że starszy od niego jest metropolita petersburski i ładoski Włodzimierz.
[wyimek]Duże szanse na urząd patriarchy ma metropolita smoleński i kaliningradzki Cyryl[/wyimek]
W związku ze śmiercią Aleksego II z zaplanowanego wyjazdu do Włoch zrezygnował prezydent Rosji Dmitrij Miedwiediew. W specjalnie wydanym oświadczeniu, podkreślał, że śmierć patriarchy okryła „wielkim smutkiem” całe społeczeństwo. „Był nie tylko wybitną postacią religijną – był wielkim obywatelem Rosji. (...) Właśnie z nim, z jego imieniem, związane jest odrodzenie Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego” – stwierdził.