Był przywódcą gruzińskiej opozycji antysowieckiej, wiele razy aresztowany za agitację, organizację strajków, manifestacji i blokad drogowych. Po odzyskaniu przez Gruzję niepodległości w cuglach wygrał w maju 1991 roku pierwsze wolne wybory prezydenckie – otrzymał ponad 86 proc. głosów. Wcześniej apelował do obywateli, by reprezentowali wobec ZSRR postawę „cywilnego i narodowego nieposłuszeństwa".
Prezydentura Gamsachurdii przeszła do historii pod hasłem „Gruzja dla Gruzinów". To czas uniezależniania kraju od Rosji i ograniczania praw mniejszości rosyjskiej. – Przedstawiciele innych narodów są zaledwie gośćmi na gruzińskiej ziemi, którym gospodarze w każdej chwili mogą wskazać drzwi – mówił. Osobiście angażował się w przekonywanie muzułmańskich mieszkańców regionu Adżarii do przyjęcia prawosławia oraz apelował o zamykanie meczetów i adaptowanie ich na cerkwie. „Głoszono, że prezydent jest jednym z najwybitniejszych polityków świata, że to właśnie Gruzja obaliła komunizm, rozbiła sowieckie imperium, dała początek przemianom w Europie Środkowo-Wschodniej"– pisał politolog prof. Wojciech Materski. Jednak z miesiąca na miesiąc pozycja Gamsachurdii słabła. Wspierana przez Moskwę opozycja żądała od prezydenta dymisji, oskarżając go o autorytarne ciągoty.
W listopadzie 1991 roku Gamsachurdia zapowiedział nacjonalizację majątku wszystkich sił zbrojnych stacjonujących w kraju. Chciał w ten sposób skłonić Związek Sowiecki, żeby wycofał z Gruzji swe wojsko. Jednak prezydentowi brakowało silnego aparatu państwowego, by groźby zrealizować, o czym Kreml doskonale wiedział. Dwa miesiące później w Gruzji wybuchła podsycana przez Moskwę wojna domowa, która zmusiła prezydenta do opuszczenia kraju.
Latem 1993 roku Gamsachurdia próbował jeszcze odzyskać władzę, ale i tym razem jego zwolennicy nie mieli szans ze wspieranymi przez Moskwę oddziałami nowego przywódcy Eduarda Szewardnadze. Zwiad Gamsachurdia zginął w niewyjaśnionych okolicznościach 31 grudnia 1993 roku. Stronnikom prezydenta trudno było uwierzyć, że prawdziwą przyczyną śmierci był niedobór insuliny i że KGB z tą śmiercią nie miał nic wspólnego.
