Kościoły obu bałkańskich krajów pozostają w nienajlepszych stosunkach od czasu komunizmu, gdy w 1967 r. macedońscy duchowni przestali uznawać zwierzchność Belgradu i stworzyli własną strukturę autokefaliczną. Tej secesji nie uznał żaden Kościół prawosławny, a status Kościoła macedońskiego pozostawał przedmiotem niekończących się sporów.
Sprawę skomplikowało wystąpienie Jovana Vransikovskiego, który zbuntował się przeciwko swoim przełożonym ze Skopje i (przy cichym wsparciu hirerarchów serbskich) stanął na czele zbuntowanej archidiecezji ochrydzkiej. Niestety okazał się przy tym niezbyt uczciwy i ostatecznie trafił na trzy lata do więzienia za defraudacje 250 tys. euro. Jego zwolennicy utrzymują, że jest niewinny i padł jedynie ofiarą prowokacji.
W 2012 roku misję pogodzenia „bratnich Kosciołów" podjął serbski prezydent Tomislav Nikolić. Chodziło o wyjaśnienie nieporozumień i powrót do przynajmniej poprawnych relacji. Przez pewien czas wydawało się, że sprawy zmierzają w dobrym kierunku, jednak ostatecznie Serbowie uznali, że jedynym akceptowalnym dla nich rozwiązaniem jest powrót „buntowników" do stanu sprzed 1967 r. Niepowodzeniem zakończyły się starania o „wybaczenie" dla Jovana Vransikovskiego, co mogłoby otworzyć macedońskim hierarchom drogę na wielki zjazd wszystkich kościołów prawosławnych w Konstantynopolu w 2016 r.
Dla zwierzchnika kościoła macedońskiego, arcybiskupa Stefana miarka przebrała się ostatecznie gdy w ubiegłym tygodniu synod biskupów Serbii ogłosił, że zamierza postawić go przed sądem kościelnym. Do przewinień abpa Stefana zaliczono „uparte pozostawanie w schizmie, niechrześcijańskie uczestnictwo w procesie arcybiskupa Jovana, jego wiernych i mnichów, a także rozliczne przypadki naruszania prawa kanonicznego". Biskup Timotei, rzecznik Kościoła macedońskiego odrzucił wszystkie zarzuty, dodając że „decyzje serbskiego synodu nie maja żadnej mocy w Macedonii".
