Obwiniony ma jednak prawo bronić się, a wnioski składa na piśmie. Prowadzący sprawę funkcjonariusz rozpatruje je w ciągu trzech dni. Potem zbiera materiał dowodowy i wyjaśnia sprawę.
Polega to na przyjęciu wyjaśnień od obwinionego, przesłuchaniu świadków, przeprowadzeniu badań lub ekspertyz i zasięganiu niezbędnych opinii.
Takie zasady postępowania określa[link=http://www.rp.pl/aktyprawne/akty/akt.spr;jsessionid=3BF179B220906EE88E6E9B9C7B901A5E?id=342392] rozporządzenie ministra finansów z 11 lutego 2010 r. w sprawie postępowania wyjaśniającego i dyscyplinarnego w stosunku do funkcjonariuszy celnych (DzU nr 31, poz. 159)[/link]. Wchodzi ono w życie 18 marca 2010 r.
Dopiero po zapoznaniu się z aktami postępowania dyscyplinarnego przez obwinionego organ dyscyplinarny decyduje o orzeczeniu.
Obwiniony musi liczyć się z karą dyscyplinarną w postaci:
