Wielu problemów przysparzają gminom obszary siedliskowe. Zasada jest taka, że zanim zostaną objęte unijną ochroną, minister środowiska zgłasza ich listę do Komisji Europejskiej. Po zaakceptowaniu przez nią powinny zostać opublikowane w formie krajowego rozporządzenia.
Do tej pory takiego rozporządzenia nie wydano. Minister zgłosił swoje propozycje do komisji, ale w opinii organizacji ekologicznych nie były one wyczerpujące. Wniosły więc skargę do Brukseli, dołączając do niej swoją listę.
Tymczasem ustawa o ochronie przyrody każe traktować zgłoszone do Komisji obszary tak, jakby były już formalnie ustanowione. W rezultacie obowiązują dwie listy z obszarami Natura 2000: siedliskowa i ekologów, tzw. cieni.
- Gminy traktują obszary Natura 2000 jak zło konieczne i wcale się im nie dziwię - twierdzi Jerzy Wertz, zastępca dyrektora Wydziału Ochrony Środowiska i Rolnictwa w Urzędzie Wojewódzkim w Krakowie. Winne tej sytuacji jest Ministerstwo Środowiska. Zanim zaczęło wytyczać te tereny, nie przeprowadziło żadnej inwentaryzacji terenów cennych ze względów na swoje walory przyrodnicze (inne państwa to zrobiły). Obszary Natura 2000 ustanawiano tylko na podstawie archiwalnych danych naukowych oraz wiedzy ekspertów. Nikt też nie pytał o opinię samorządów. Dochodziło więc do pomyłek. Trudno je sprostować. Obecnie ustanowienie obszaru Natura 2000 minister konsultuje z gminami - mówi dyrektor Wertz i dodaje: - Znam tylko jeden przypadek, kiedy rada gminy zaakceptowała propozycję resortową.
Najczęściej nie chcą u siebie obszaru. Tak było w wypadku kilku miasteczek na terenie woj. małopolskiego. Należy do nich Zator. Został on razem z rynkiem objęty unijną ochroną ze względu na siedlisko wodnych ptaków - mówi Zbigniew Biernat, burmistrz Zatora. Po protestach władz miasta z Natury 2000 wyłączono najgęściej zamieszkane tereny, w tym rynek.
Nadzór nad Naturą 2000 pełnią wojewodowie. Mają oni obowiązek opracować dla każdego obszaru plan ochrony. Taki plan jest bardzo ważny, gdyż określa dokładne zasady gospodarowania na obszarze oraz jego granice. Do tej pory nie powstał jednak ani jeden. Tymczasem na ich przygotowanie wojewodowie mają pięć lat od daty utworzenia obszarów. Część tych obszarów powstała trzy lata temu, jest więc jeszcze niecałe dwa lata.