Zwrotu dotacji, by zyskać uprawnienie do odliczenia podatku, trzeba dokonać do wejścia w życie specustawy ws. centralizacji VAT w samorządach.
Tak wynika z ustawy o zasadach centralizacji VAT w samorządach w brzemieniu uwzględniającym wprowadzone przez Senat poprawki.
Ustawa ma rozwiązać problem niezgodności z prawem unijnym traktowania gminnych jednostek budżetowych jako odrębnych podatników w rozumieniu ustawy o VAT. Takie jednostki od lat są zarejestrowane jako podatnicy, samodzielnie wystawiają faktury, odliczają VAT i składają deklaracje.
Trybunał Sprawiedliwości UE orzekł jednak 29 września 2015 r. w sprawie gminy Wrocław, że gminne jednostki budżetowe nie mogą być uznane za podatników VAT, gdyż nie są wystarczająco samodzielne i to gmina ponosi ryzyko ich działalności. To sama gmina jest więc podatnikiem VAT, a nie gmina i dodatkowo jej jednostki budżetowe. Orzeczenie nie dotyczyło wprost zakładów budżetowych, ale jego tezy mają zastosowanie również do nich, co potwierdził Naczelny Sąd Administracyjny. Wyrok Trybunału Sprawiedliwości UE wymusił więc centralizację rozliczeń w samorządach, a ustawa ma ten proces uregulować.
Zgodnie z nią gminy muszą scentralizować rozliczenia najpóźniej od początku 2017 r. Jeśli zdecydują się na korektę wcześniejszych rozliczeń, muszą zastosować wyrok TS UE w pełni. Nie mogą więc np. wybrać tylko korzystnych miesięcy.