W 2018 r. ówczesna prezes Sądu Okręgowego w Krakowie Dagmara Pawełczyk-Woicka przeniosła Waldemara Żurka do wydziału I cywilnego, który rozpoznaje sprawy cywilne jako sąd I instancji. Wcześniej orzekał w II wydziale cywilnym odwoławczym, który rozpoznaje apelacje od wyroków sądów rejonowych.
Pytana o powody przeniesienia sędziego Dagmara Pawełczyk-Woicka, zapewniała, że jej decyzja nie jest w żaden sposób powiązana z działalnością Waldemara Żurka, byłego rzecznika Krajowej Rady Sądownictwa i Stowarzyszenia Sędziów Polskich "Iustitia". Tłumaczyła że przeniesienie było uzasadnione m.in. nadmiarem zaległych spraw w I wydziale, małą liczbą spraw w referacie sędziego i jego krótkim stażem orzeczniczym w pierwszej instancji. Mimo to środowisko sędziowskie odebrało decyzję o przenosinach jako szykanę za działalność Żurka w obronie wolnych sądów.
W marcu 2023 roku Sąd Okręgowy w Katowicach nakazał przywrócić sędziego Waldemara Żurka do orzekania w macierzystym wydziale Sądu Okręgowego w Krakowie. Zostało wydane w ramach zabezpieczenia w procesie o mobbing, jaki macierzystemu sądowi wytoczył Waldemar Żurek.
Wyrok wykonał powołany niedawno przez ministra sprawiedliwości Adama Bodnara nowy prezes Sądu Okręgowego w Krakowie Janusz Kawałek. Jak podaje portal oko.press, we wtorek 14 maja 2024 decydował o powrocie Żurka do starego wydziału.
- Bardzo się cieszę. Wreszcie czuję, że wraca normalność. Długo czekałem na tę chwilę – skomentował w rozmowie z portalem sędzia Waldemar Żurek.