To wyjątkowy zbiór numizmatyczny, zawierający ponad 100 tysięcy obiektów. Jego trzonem jest kolekcja hrabiego Emeryka Hutten-Czapskiego (1828-1896), licząca ponad 11 tysięcy monet, medali i banknotów.
W ponownie otwartym muzeum zwiedzającym udostępniono 2,5 tysiąca obiektów. Jego budynek kolekcjoner zakupił w 1894 roku z przeznaczeniem na stałą ekspozycję. Muzeum otwarte zostało już po jego śmierci w 1901 roku. Dwa lata później spadkobiercy przekazali pałacyk wraz ze zbiorami Muzeum Narodowemu i miastu.
W kolekcji jest wiele cennych, niezwykle rzadkich monet i medali od średniowiecza do XVIII wieku, jak np. srebrne denary Bolesława Chrobrego z około 1000 roku. Na jednym z nich po raz pierwszy pojawia się nazwa Polski. Czy unikatowa moneta z XII wieku z czasów Mieszka Starego z inskrypcjami hebrajskimi, świadczącymi o zaangażowaniu Żydów w politykę skarbową księcia. Albo numizmaty z czasów Jagiellonów i Wazów, m.in. floren Władysława Łokietka – pierwsza polska złota moneta oraz pierwszy polski talar korony Zygmunta I Starego.
W centrum ekspozycji znajduje się słynna złota studukatówka Zygmunta III Wazy wybita w 1621 roku w Bydgoszczy – jedna z największych historycznych monet na świecie. A obecnie najdroższa polska moneta.
Wśród dzieł najlepszych europejskich medalierów są m.in. triumfalne medale Władysława IV z lat 1633-1648 - na pamiątkę zwycięstwa smoleńskiego oraz traktatów ze Szwecją i Turcją. A także medal z czasów Jana Kazimierza, upamiętniający zajęcie Kijowa (1651) oraz medal z okazji pokoju w Oliwie (1660).