NIK ustaliła, że system nie był prawidłowo przygotowany zarówno w okresie zarządzania przez Ministerstwo Spraw Wewnętrznych jak i Ministerstwo Cyfryzacji. Termin jego udostępnienia opóźnił się o dwa lata a koszty realizacji wzrosły o 42 miliony złotych. Po uruchomieniu w listopadzie 2017 roku systemu CEPiK 2.0 w zakresie rejestracji pojazdów wystąpiły liczne utrudnienia dla obywateli i urzędów.
MSW rozpoczynając prace nad CEPiK 2.0 nie sporządziło studium wykonalności ani kalkulacji wartości przedmiotu zamówienia i oparło się wyłącznie na ofercie sporządzonej przez Centralny Ośrodek Informatyki (COI).