Choć sławę John Malkovich zyskał dzięki filmowi, to jego związek z teatrem datuje się od początków kariery. W połowie lat 70. porzucił studia aktorskie, by założyć z przyjaciółmi Steppenwolf Theatre w Chicago. Zauważono go w roli Stanleya Kowalskiego w „Tramwaju zwanym pożądaniem”, na Broadwayu zadebiutował u boku Dustina Hoffmana w „Śmierci komiwojażera”. Głośno było o nim po wiedeńskim spektaklu „Wyznania seryjnego mordercy”, gdzie grał zabójcę kobiet. Reżyserował też dramaty Harolda Pintera, a potem wywołał dyskusję, gdy w „Gorzkiej pszenicy” Davida Mameta wcielił się w postać słynnego producenta posądzonego o molestowanie.