Od 2014 r. między właścicielami aptek a inspekcją farmaceutyczną toczy się spór o interpretację przepisów dotyczących liczby aptek, które może prowadzić jeden przedsiębiorca. Chodzi o art. 99 ust. 3 pkt 2 i 3 prawa farmaceutycznego, zgodnie z którym „zezwolenia nie wydaje się, jeżeli podmiot ubiegający się o zezwolenie (...) prowadzi na terenie województwa więcej niż 1 proc. aptek ogólnodostępnych".
Przepis ten przez przeszło dziesięć lat jego obowiązywania nie budził kontrowersji i nie cieszył się zainteresowaniem organów państwa. Zgodnie z jego treścią, jeśli przedsiębiorca przekraczał wskazaną w nim liczbę aptek, nie wydawano mu kolejnego zezwolenia. Jednocześnie wobec treści tego przepisu poza zainteresowaniem inspekcji farmaceutycznej pozostawały działania polegające na konsolidacji przedsiębiorców, którzy już posiadali zezwolenia. Przedsiębiorcy tacy mogli się ze sobą łączyć w większe przedsiębiorstwa, prowadzące niejednokrotnie więcej niż 1 proc. aptek na terenie województwa, nie wiązało się to jednak z występowaniem o wydanie nowych zezwoleń, ale odbywało w ramach zezwoleń już uzyskanych.