Cook nie stracił ani jednego człowieka z powodu szkorbutu. To graniczyło z cudem. W XVIII wieku na szkorbut zmarło więcej marynarzy, niż zginęło w bitwach morskich. Statki rozbijały się o skały, wchodziły na mielizny, wpływały na rafy, nie potrafiły przetrzymać sztormów, ponieważ chorzy na szkorbut marynarze nie mieli sił brasować rei, refować żagli, pompować wody wdzierającej się do kadłuba, stać przy sterze. Choć dziś trudno w to uwierzyć, Cook był pierwszym człowiekiem na świecie, który zauważył, że ludzie zapadają na szkorbut wtedy, gdy długo nie jedzą warzyw i owoców. A skąd brać warzywa i owoce, gdy rejs trwa miesiącami, bez dobijania do lądu?
Rewolucyjny pomysł Cooka przyniósł oszałamiające rezultaty: „Ludzie początkowo nie chcieli jeść kiszonej kapusty. Doprowadziłem do jej spożycia dzięki metodzie, która w odniesieniu do marynarzy była niezawodna. Polegała ona mianowicie na tym, iż codziennie dodawano kiszoną kapustę do posiłku oficerskiego, wszyscy oficerowie mogli ją jeść bez ograniczeń. Nie minął tydzień, kiedy już trzeba było każdemu na pokładzie dawać jego porcję" („The Journals of Captain James Cook on His Voyages of Discover").
Cook dbał o higienę, kazał wietrzyć odzież, raz w tygodniu dezynfekował okręt. Dzięki niemu rejs oceaniczny nie stawał się wyprawą po niemal pewną śmierć (z Magellanem wyruszyło 294 ludzi, powróciło 18), a żeglarstwo przestało być najniebezpieczniejszym zawodem świata, bardziej śmiertelnym niż zawód najemnego żołnierza.
Ludzie Cooka nawiązywali przyjazne stosunki z tubylcami. Cook odróżniał się pod tym względem od ogromnej większości europejskich żeglarzy i odkrywców, którzy nie liczyli się z ludami, które podbijali, szerzyli wśród nich choroby, zmuszali do przyjmowania obyczajów niepasujących do miejscowych warunków, narzucali im dogmaty wiary, których ci kompletnie nie rozumieli. A więc i w tej dziedzinie Cook ustanawiał nowe standardy.
Nie tylko wobec tubylców, także w stosunku do własnych marynarzy. „Bito według uznania kapitana. Uważano, że chłosta jest jedyną skuteczną karą dla ludzi z załogi królewskich okrętów" (John Masefield, „Życie na morzu za czasów Nelsona"). „Sześć uderzeń całkowicie zdzierało skórę z pleców. Tuzin zawsze przeorał je głęboko i zostawiał czerwone, straszliwe wyrwy, których sam już widok napawał przerażeniem. A przecież trzy tuziny uderzeń były powszechną karą" (Lucjan Wolanowski, „Buntownicy mórz południowych"). Na okrętach, którymi dowodził Cook, nie chłostano.
