Wywodził się z patriotycznej polskiej rodziny o niemieckich korzeniach. Tradycję wojskową miał we krwi. Jego ojcem był ks. mjr Paweł Hause – kapelan przedwojennego Wojska Polskiego, który całą okupację spędził w niemieckich oflagach i obozach koncentracyjnych. Ojcem chrzestnym był inny polski patriota, ks. senior Karol Kubisz, który w 1954 roku oświadczył prześladującym go ubekom, że „nie będzie się bawił w konfidenta”.
Po wybuchu II wojny ks. Hause wraz z matką i rodzeństwem zostali ewakuowani na wschód Rzeczpospolitej, ale 17 września na tereny te wkroczyła Armia Czerwona. Wkrótce wszyscy zostali zesłani na Syberię. Po podpisaniu układu Sikorski – Majski w 1941 r. polscy zesłańcy za wszelką cenę próbowali dostać się do armii Andersa. Nie zdążyli. Brat Jana Hausego wstąpił do kościuszkowców i zginął na polu walki. Jan z matką przyjechali do Polski w 1946 r. Wrócili do rodzinnego Krakowa, by się dowiedzieć, że ks. mjr Paweł Hause zmarł zaledwie dwa tygodnie wcześniej.
Po maturze Jan chciał studiować na Chrześcijańskiej Akademii Teologicznej. Najpierw musiał jednak odbyć służbę wojskową. Była to typowa w PRL metoda mająca zniechęcić młodych ludzi do powołania duchownego. Okazało się ono jednak silniejsze. 1 października 1961 roku ks. Hause został ordynowany na księdza w rodzinnej parafii w Krakowie i się ożenił. Służył w wielu ewangelickich zborach, m.in. w Karpaczu, Włocławku, Płocku, Radomiu i Węgrowie.
Był wielkim zwolennikiem ruchu ekumenicznego. Przyjaźnił się z katolikami skupionymi wokół kościoła św. Marcina w Warszawie. W 1995 roku stanął na czele reaktywowanego Ewangelickiego Duszpasterstwa Wojskowego. Pozostał cywilem i – ze skromności – odmówił także przyjęcia godności biskupiej, choć na czele ordynariatów katolickiego i prawosławnego stoją biskupi w randze generałów.
– Po odtworzeniu duszpasterstwa w wojsku budował go od zera. Po 45-letniej przerwie był to najtrudniejszy okres – wspomina swego poprzednika biskup generał Ryszard Borski, zwierzchnik EDW.
