Nowe zasady wykorzystywania funduszy strukturalnych pomogą też rozwiązać kilka strukturalnych problemów, przed którymi gminy i regiony dziś stoją.
Opublikowany niedawno raport o stanie samorządności terytorialnej autorstwa m.in. profesorów Jarosława Bobera, Jerzego Hausnera i Huberta Izdebskiego wskazał na długą listę „dysfunkcji", które podkopują polską samorządność. – Polskie samorządy są dziś mocnym filarem Rzeczypospolitej. Ale system samorządowy kostnieje, staje się niefunkcjonalny – ostrzegał prof. Hausner na zorganizowanej w Warszawie prezentacji opracowania. Wśród głównych zagrożeń raport wymienił m.in. osłabianie demokracji samorządowej (coraz mniejsze zaangażowanie obywateli w działalność samorządu), zbyt małą współpracę pomiędzy różnymi samorządami oraz zbyt mały ich udział w polityce rozwojowej. Na liście dysfunkcji znalazło się też nieoptymalne wykorzystanie funduszy unijnych, dopuszczenie do wydawania ich na cele doraźne i konsumpcyjne, mało rozwojowe.
Zaproponowana przez Ministerstwo Rozwoju Regionalnego konstrukcja funduszy europejskich na lata 2014–2020 jest odpowiedzią na przynajmniej część tych problemów.
Po pierwsze, rola samorządów wojewódzkich w polityce rozwojowej (uznana w raporcie za zbyt małą) zwiększy się już przez sam fakt skokowego zwiększenia ilości pieniędzy rozdzielanych na poziomie regionalnym. Będzie to prawie 60 proc. całej alokacji na Europejski Fundusz Rozwoju Regionalnego (EFRR) i Europejski Fundusz Społeczny (EFS), czyli o prawie 20 pkt proc. więcej niż obecnie! To w ramach regionalnych programów operacyjnych będzie oferowane wsparcie np. dla małych i średnich przedsiębiorstw, a wydatkowanie pieniędzy będzie musiało być zgodne z regionalnymi strategiami rozwoju, zgodnie z narzucaną zasadą „inteligentnej specjalizacji". Pieniądze będą bardzo dokładnie oznaczone, nie będzie można ich wydać (tak jak to niekiedy działo się w przyszłości) np. na aquaparki. Ani żadne inne inwestycje, które może i podobają się w roku wyborczym, ale w kolejnych latach stają się tylko kamieniem młyńskim u szyi samorządów, generując dodatkowe koszty, a nie wnosząc nic w rozwój gospodarczy.
Upraszczając, zgodnie z nową zasadą każdy region będzie musiał wybrać swoje najsilniejsze strony, mogące pociągnąć za sobą lokalną gospodarkę – i w nie inwestować. Istotne jest też to, że wraz ze zwiększeniem budżetu dzielonego w regionach, zwiększy się odpowiedzialność za rozliczanie wykorzystanych funduszy – tzw. instytucja certyfikująca zostanie przeniesiona z urzędu wojewody do urzędu marszałka.