W trakcie powstawania centralnego odcinka II linii metra budowniczowie odkryli nieoznaczone instalacje, których bieg trzeba było zmieniać, niewybuchy i inne przedmioty wstrzymujące prace. Te i inne obiektywne przyczyny spowodowały przesunięcie daty zakończenia budowy tego odcinka o 337 dni wraz z odbiorami inwestorskimi.
Wśród przyczyn powodujących przestoje w trakcie budowy II linii metra były na przykład niewybuchy i niewypały znajdowane m.in. podczas budowy stacji Świętokrzyska oraz Centrum Nauki Kopernik. Łącznie było ich około 450 sztuk, m.in. 130 szt. pocisków artyleryjskich, 300 szt. amunicji oraz pociski moździerzowe.
Także obiekty historyczne znajdujące się pod ziemią miały wpływ na trwającą budowę metra - największym nieoznaczonym obiektem były fundamenty fabryki z 1913 r. w rejonie Ronda Daszyńskiego, które zatrzymały prace ziemne na 22 dni. Warunki pogodowe, szczególnie zimą 2011/2012, spowodowały zatrzymanie prac konstrukcyjnych - np. prac betoniarskich na stacji: Rondo Daszyńskiego, Stadion i Dworzec Wileński.
Problemem, który w największym stopniu przyczynił się do przesunięcia terminu były niezinwentaryzowane instalacje podziemne. Brak umieszenia ich na mapach, spowodował konieczność przeprowadzenia dodatkowych, nieplanowanych prac projektowo- inwentaryzacyjnych oraz dokonanie uzgodnień z zarządcami sieci. Największe przestoje miały miejsce przy przebudowie infrastruktury w rejonie stacji Świętokrzyska (ponad 60 dni) oraz przebudowy sieci gazowej w rejonie stacji Rondo Daszyńskiego (70 dni).
Koszt inwestycji - 4,17 mld zł nie uległ zmianie.
