Od początku w reformie coś zgrzytało, gdyż była robiona pospiesznie i dopychana politycznie, by zdążyć w zapowiedzianym terminie. Autorom wobec pustki intelektualnej, jak restrukturyzować przewoźnika, przyświecała głównie chęć pozbycia się przez PKP deficytowych połączeń osobowych wymagających co roku zwiększonych dotacji i sporych nakładów na wymianę taboru.
Najbardziej dyskusyjnym elementem reformy pozostaje decyzja o przekazaniu marszałkom spółki Przewozy Regionalne (PR) bez połączeń międzywojewódzkich. Te zaś, trafiając do InterCity (IC), przygniotły coraz lepiej odbieraną przez pasażerów, zyskowną i komercyjną spółkę nadmiarem zaplecza, stojącymi w krzakach niesprawnymi wagonami i przynoszącymi straty połączeniami o fatalnej renomie.
[srodtytul]Szczytna teoria rozjechała się z praktyką[/srodtytul]
„Profesjonalny” biznesplan PR autorstwa niezidentyfikowanych „profesjonalistów” i rzucony przez resort infrastruktury marszałkom w trakcie negocjacji na stół, okazał się dokumentem mało wartym, gdyż życie zweryfikowało negatywnie jego założenia finansowe. Wg PKP stało się tak oczywiście na skutek światowego kryzysu. Swoją drogą zarząd PKP na klęczkach powinien udać się z pielgrzymką dziękczynną, bo kryzysem może usprawiedliwiać teraz wszystkie dotychczasowe niepowodzenia. Te z dworcami, z marną sprzedażą zbędnego majątku i zerową prywatyzacją.
PR, które dopiero co udało się w 2007 r. wyprowadzić ze strat, w konsekwencji błędnych wyliczeń w biznesplanie i otrzymywania z opóźnieniem środków na pokrycie deficytu w przewozach, zaczęły mieć problemy z płynnością. Spółka sięgnęła po pieniądze IC, które uzyskiwała ze sprzedaży biletów tej spółki. Była to w sumie niebagatelna kwota prawie 130 mln zł. Wydarzenia potoczyły się jak lawina: skarga InterCity do sądu i jego decyzja o postępowaniu komorniczym, zajęcie kont PR, zdesperowani możliwością braku wypłat kolejarze grożący blokadą torów. Po tym wszystkim rada nadzorcza PR upoważniła zarząd do przygotowania wniosku o upadłość firmy. Gdzieś w tle tej zawieruchy było ok. 340 tys. pasażerów korzystających dziennie z ponad 3 tys. pociągów PR. Stojąc na peronie i pamiętając newsy programów informacyjnych o kolejowym bałaganie, denerwowali się, czy zobaczą pociąg dowożący ich do pracy.