NIK badała funkcjonowanie kopalni Wujek w latach 2008-2009. Jak wynika z ustaleń Izby, górnicy pracujący w kopalni byli zatrudniani dodatkowo przy wydobyciu węgla w ich wolnym czasie (odrębne umowy) przez spółkę Phoenix (najczęściej na tym samym pokładzie, w tym samym charakterze).
Kilkudziesięciu górników pracowało dzień po dniu bez odpoczynku; a jeden z nich - 69 dni. Bezpośrednio po zakończeniu pracy w kopalni (bez wypoczynku) podejmowali pracę w spółce. Wielokrotnie naruszono zasadę odpoczynku dobowego (11 godzin nieprzerwanego wypoczynku) i podejmowano pracę wcześniej.
Zdaniem NIK takie postępowanie zagrażało bezpieczeństwu w kopalni. W ocenie NIK było także próbą obejścia Kodeksu Pracy (formalnie górnicy nie pracowali ciągle u tego samego pracodawcy, więc każdy z nich - kopalnia i spółka - twierdzi, że przepisów nie złamali).
Po publikacji raportu NIK Katowicki Holding Węglowy wydał oświadczenie, w którym czytamy, że „upubliczniona dzisiaj informacja o raporcie Najwyższej Izby Kontroli w zdecydowanej większości powtarza uwagi i ustalenia poczynione wcześniej w raporcie komisji Wyższego Urzędu Górniczego w oraz kontrolę wewnętrzną KHW”.
– Po katastrofie podjęty został kompleks działań mających zapobiec powtórzeniu się podobnego nieszczęśliwego zdarzenia w przyszłości. Dotyczą one m.in. wzmożonych kontroli w miejscach pracy, przeglądów sprzętu, zmiany systemu weryfikacji uprawnień zawodowych, prowadzeniu dodatkowych szkoleń bhp i ratowniczych – mówi Wojciech Jaros z działu komunikacji wewnętrznej KHW.