Sprzedaż nieruchomości wiąże się z trudnościami w zakresie określenia skutków podatkowych transakcji na gruncie ustawy o VAT. Możliwe jest bowiem ich opodatkowanie podstawową stawką VAT (w przypadku sprzedaży działki budowlanej), obowiązkowe zwolnienie z VAT (w przypadku sprzedaży działki niezbudowanej innej niż tereny budowlane), zaś w niektórych przypadkach także wybór pomiędzy opodatkowaniem lub stosowaniem zwolnienia z VAT (może tak być np. w przypadku sprzedaży zabudowanych działek).
Czytaj także: PIT: czy można ograniczyć podatek od sprzedaży nieruchomości
Z uwagi na kilka możliwych zasad opodatkowania wątpliwości podatników (dotyczy to także jednostek samorządu terytorialnego) może budzić to, jak powinni postąpić, jeżeli przedmiotem jednej transakcji sprzedaży jest działka gruntu o różnorodnym charakterze lub kilka różnych działek, zaś strony ustaliły jedną cenę sprzedaży. Przykładowo, można spotkać sytuację, gdy podatnik sprzedaje nieruchomość obejmującą nieujawnione w księdze wieczystej działki, z których część zgodnie z miejscowym planem jest przeznaczona pod zabudowę (konieczność opodatkowania VAT), zaś część nie (obowiązkowe zwolnienie z VAT), a umowa określa łączne wynagrodzenie.
Niestety, przepisy ustawy o VAT nie odnoszą się wprost do takiej sytuacji. Co prawda na gruncie VAT utrwalona jest praktyka dotycząca tzw. świadczeń kompleksowych (złożonych). Stanowią one zbiór świadczeń tak ściśle ze sobą powiązanych, że ich rozdzielenie miałoby charakter sztuczny, a tym samym podlegają one łącznemu opodatkowaniu przewidzianemu dla świadczenia głównego. Niemniej, zdaniem autora, koncepcja świadczeń kompleksowych nie będzie stosowana w sytuacji zbycia w ramach jednej transakcji działek o różnym charakterze.
Przemawia za tym m.in. stanowisko Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej (TSUE) wyrażone w wyroku z 6 lipca 2006 r. (sygn. C-251/05), na który powołują się również organy podatkowe. W orzeczeniu tym wskazano, że dostawa towarów, co do zasady, podlega jednej stawce VAT, niemniej dopuszczalne jest oddzielne opodatkowanie określonych składników takiej dostawy, jeżeli z przepisów wyraźnie wynika taka ewentualność i taka konieczność. Zdaniem TSUE oznacza to, że możliwa jest sytuacja, w której w ramach jednej dostawy – obejmującej towary objęte preferencyjnym opodatkowaniem jak i opodatkowane na zasadach ogólnych – podatek VAT będzie naliczany według różnych zasad.
