Prowadzący śledztwo eksperci ds. wypadków lotniczych zakładają, że do tragedii mógł też przyczynić się brak doświadczenia załogi. Składała się ona z Hiszpanów, którzy latali wcześniej nieznanym sobie typem samolotu dopiero od miesiąca. Nie wyklucza się awarii z przyczyn technicznych, bowiem MD-83 był już mocno wysłużona maszyną. Wstępne odczyty z czarnych skrzynek i zapis obserwacji radarowych wykluczają natomiast zestrzelenie lub wysadzenie samolotu w wyniku akcji terrorystycznych.

Dowódca sił zbrojnych Burkina Faso gen. Gilbert Diendéré poinformował, że zapis obserwacji radarowych wskazuje, że piloci w ostatniej chwili usiłowali ominąć obszar wyjątkowo silnej burzy, ale im się to nie udało. Do wypadku doszło właśnie podczas tego manewru.

Potwierdza to francuski ekspert lotniczy Gérard Feldzer, który szacuje, że samolot tego typu potrzebuje ok. 15 km na wykonanie pełnego manewru, zaś algierski MD-83 rozpoczął próbę omijania burzy dopiero na 5 km przed strefą silnych prądów powietrznych. Prawdopodobnie dostał się w wyjątkowo silny podmuch, który spowodował utratę sterowności wskutek gwałtownego rzucania maszyną w górę i w dół.

Upadek nastąpił w sposób gwałtowny i niekontrolowany, prawie pionowo w dół. Maszyna uderzyła w ziemię 3 minuty po awarii, która nastąpiła na wysokości 10 tys. metrów. Upadek był tak silny, że na miejscu uderzenie nie znaleziono żadnych ciał zachowanych w całości. Wciąż trwa gromadzenie ludzkich szczątków, które będą mogły być zidentyfikowane dopiero na podstawie analiz DNA.

Pomocy w wyjaśnianiu przyczyn wypadku udziela Mali Francja jako, że na pokładzie samolotu znajdowało się 54 jej obywateli Francji. Początkowo nie wykluczano, że mogło dojść do zamachu zorganizowanego przez ukrywające na północy Mali grupy islamistycznych rebeliantów wypartych w góry przez interwencyjne wojska francuskie. Wstępne analizy ekspertów wykluczyły jednak taką ewentualność.