„W obliczu Boga wszechmogącego"
Po internowaniu starszych działaczy krakowskiego NZS jest jednym z tych, którzy kontynuują działalność Zrzeszenia w warunkach konspiracyjnych. Wchodzi w skład tzw. grupy eksperckiej NZS. Tworzą grupy samokształceniowe. W oparciu o doświadczenie Armii Krajowej pisze „ABC konspiratora" – jedną z najpopularniejszych lektur w podziemiu.
W 1982 r. Janusz Kurtyka odnalazł w dokumentach tekst przysięgi, jaką na wierność ojczyźnie składali żołnierze niepodległościowego podziemia. „W obliczu Boga wszechmogącego i Najświętszej Marii Panny, Królowej Korony Polskiej, przysięgam być wiernym Ojczyźnie mej, Polsce, stać nieugięcie na straży Jej honoru i o wyzwolenie Jej z niewoli walczyć ze wszystkich sił, aż do ofiary życia" – brzmiał tekst roty.
– Powtrzaliśmy go z wielkim przejęciem razem z Krzysiem Grubą, logikiem z Instytutu Filozofii, tworząc maleńkie ogniwo wielkiego ruchu podziemnej „Solidarności". Pamiętam ten patos podziemnej przysięgi. Wydawał się i był zapewne przesadny. Teraz ten patos nie jest już wcale śmieszny. Janusz potwierdził, nie tylko swoją śmiercią, ale i swoim życiem, że to wielkie zobowiązanie wypełnił do końca – wspomina prof. Andrzej Nowak, przyjaciel Kurtyki ze studiów, dziś redaktor naczelny wydawnictwa Arcana i pracownik UJ.
Niezależnie od działaności w NZS Kurtyka tworzy grupy konspiracyjne w Nowej Hucie skupiające nie tylko studentów. Przydaje się jego zmysl techniczny. To właśnie jego grupa wytwarza specjalne kolce, które rzucane pod koła milicyjnych suk skutecznie ograniczają użycie pojazdów mechanicznych do tłumienia słynnych nowohuckich zadym. Wpada też na pomysł, by podsłuchiwać resortowe radiostacje. Konstruktorem odbiorników zostaje Marek Podlecki.
W drugiej połowie 1982 r. Kurtyka współtworzy Podziemną Agencję Prasową Studentów i Solidarności. – Skuteczne działanie wymagało dobrej konspiracji. O to bardzo dbaliśmy. Nie robiliśmy niczego, co narażałoby nas i naszych informatrów. Szczególnie chroniliśmy ostatni etap, czyli przekazanie biuletynu do przepisania na matryce i oddania do druku. Efekt był taki, że choć Służba Bezpieczeństwa bardzo starała się wykryć grupę przygotowującą PAPSS, to nigdy jej się to nie udało – wpomina Krzysztof Gruba, który wspólnie z Kurtyką koordynował dzialaność agencji. Potwierdza to dokument przechowywany w IPN. Czytamy wnim: „Wydział III-1 prowadzi sprawę operacyjnego rozpracowania kryp. Ważny, w ramach której rozpracowano całą siatkę kolportażową PAPSS, nie docierając jednak do struktur zajmujących się tworzeniem i drukowaniem Serwisu Informacyjnego ze względu na stosowaną tam głęboką konspirację".
W 1983 r. SB podejmuje próbę zwerbowania Kurtyki strasząc go wyrzuceniem ze studiów i wcieleniem do wojska oraz kusząc pomocą w karierze. Kategoryczna odmowa sprawia, że zostaje objęty rozpracowywaniem w ramach sprawy o kryptonimie „Mieszko" wymierzonej w osoby związane z podziemnym Radiem „Solidarność".