57-letni były biznesmen i inżynier wygrał wybory prezydenckie w 2005 roku, zdobywając zaledwie 75 tysięcy głosów więcej niż jego rywal Porfirio Lobo. Jako kandydat Partii Liberalnej obiecywał, że zaprowadzi w kraju porządek, rozprawi się z gangami narkotykowi i poprawi warunki życia w tym jednym z najbiedniejszych państw Ameryki Środkowej. Zamierzał podwoić liczbę policjantów na ulicach, a morderców i gwałcicieli wtrącać do więzienia z dożywotnimi wyrokami. Zapewniał również, że zwalczy korupcję na szczytach władzy i stworzy tysiące nowych miejsc pracy.
Gdy po roku jego rządów rosły zarówno ceny żywności, jak i przestępczość, na ulicach honduraskich miast wybuchły protesty niezadowolonych taksówkarzy, pielęgniarek oraz nauczycieli. Honduranie krytykowali Zelayę za jego rozliczne podróże zagraniczne i wystawny tryb życia. Członkowie opozycji oskarżali go o dążenie do wprowadzenia rządów autorytarnych.
Prezydent za swoje kłopoty obwiniał jednak media, które oskarżał o nierzetelne relacjonowanie działań rządu i czerpanie zysków z nagłaśniania problemów społecznych i politycznych kraju. Gdy w 2007 roku nie udało mu się przeforsować w Kongresie zakazu publikowania informacji dotyczących przestępczości – wielkim problemie Hondurasu – nakazał stacjom radiowym i telewizyjnym, by co najmniej dwie godziny dziennie przeznaczyły na emisję prorządowej propagandy.
Zasłynął też z nietypowego pomysłu na rozwiązanie problemu handlu narkotykami, przekonując, że powinno się go zalegalizować, a wtedy rządy nie będą musiały wydawać pieniędzy na walkę z przemytnikami.
Jak zauważa BBC Zelaya doprowadził również do rozluźnienia tradycyjnego sojuszu ze Stanami Zjednoczonymi, zyskując poparcie lewicowych przywódców Ameryki Łacińskiej, m.in. kubańskiego dyktatora Fidela Castro czy prezydenta Wenezueli Hugo Chaveza. W 2008 roku wprowadził Honduras do stworzonej przez Wenezuelę Boliwariańskiej Alternatywy dla Ameryk (ALBA).
