„Najpierw chcieli mnie przekupić. Kilka tygodni przed dojściem Hitlera do władzy, gdy mieszkałem jeszcze w Berlinie, kończąc obronę mojej pracy doktorskiej, zostałem zaproszony przez Kronprinza Augusta Wilhelma, syna ostatniego cesarza Wilhelma II, był wówczas deputowanym NSDAP z obszaru Prus. Ubrany w brunatny mundur poinformował mnie, że Hitler życzy sobie ze mną rozmawiać. Odpowiedziałem mu, że nie jestem tu w Berlinie, aby politykować. Choć zawsze wyznawałem regułę, że nigdy nie należy unikać interesujących konwersacji, w tym jednak przypadku postanowiłem się powstrzymać. Wcześniejsze spotkanie Augusta Wilhelma z Hitlerem odebrano powszechnie jako wyraz poparcia dla jego polityki i NSDAP. Ton, który nadała wizycie nazistowska propaganda, podchwyciły inne media i księcia „zaklasyfikowano” jako zwolennika Adolfa Hitlera. Dla mnie stało się absolutnie jasne, że Hitler chce ze mną próbować tego samego. Dlatego odrzuciłem propozycję spotkania. Drugi raz próbował przekonać mnie do rozmowy Herman Göring. Postąpiłem podobnie. Nie chciałem mieć z Hitlerem nic wspólnego”.
Po zwycięstwie Hitlera arcyksiążę wyjechał do Francji, a potem do Belgii, gdzie studiował na Uniwersytecie w Louvain. Z rosnącym niepokojem obserwował nasilające się zakusy faszystów na jego rodzinny kraj. W marcu 1938 r., gdy armia hitlerowska stała już na granicach Austrii, prohabsburski pisarz Joseph Roth przybył do Wiednia z fantastyczną ofertą. Arcyksiążę Otto gotów był stanąć na czele rządu i wezwać Austriaków do zbrojnego oporu wobec Wehrmachtu.
Ale liderzy austriackich konserwatystów nie wierzyli już, że jakikolwiek opór jest możliwy. Za to gestapo dobrze zapamiętało tę próbę oporu i 19 kwietnia 1938 r. wydało list gończy za arystokratą. Tymczasem Otto tworzył w Paryżu ośrodek pomocy dla Austriaków, którzy zbiegli z okupowanego kraju. Dzięki arystokratycznym koneksjom dotarł do premiera Francji Eduarda Daladiera, który nakazał władzom szybkie udzielenie azylu uciekinierom z Austrii. Gdy jednak, korzystając z okazji, arcyksiążę zachęcał Daladiera, aby potraktował Anschluss Austrii jako impuls do zdecydowanych przygotowań do wojny, nie spotkał się ze zrozumieniem. Jak wspominał po latach:
„Pyszny Daladier zlekceważył moje ostrzeżenia. W momencie powstania poważnego napięcia Zachód w ogóle nie zwrócił uwagi, że kraje środkowoeuropejskie podlegają zupełnie innej motywacji do zmobilizowania się przeciwko grożącemu niebezpieczeństwu niż Anglia i Francja z ich mocarstwowymi ambicjami. Wskutek kompletnego braku zrozumienia ze strony mocarstw zachodnich państwa środkowoeuropejskie straciły do nich zaufanie. Powstało przekonanie, że wobec obojętności Paryża i Londynu małym krajom pozostaje układać się z Hitlerem na własną rękę. W efekcie mieliśmy do czynienia w tym rejonie z rozczłonkowaniem zamiast niezbędnej jedności. Dobrym przykładem niech będzie rząd w Belgradzie, który całkowicie przeszedł na stronę Hitlera”.
Walka o wskrzeszenie
W roku 1940 po upadku Paryża arcyksiążę znów musiał uciekać. Wyjechał do Hiszpanii. Wykorzystał swoją dawną znajomość z generałem Franco, aby stworzyć memoriał ostrzegający go przed wejściem do wojny po stronie III Rzeszy. W tym czasie w rządzie silna stała się frakcja miłośników Hitlera, która zachłysnęła się wizją wykorzystania trudnej sytuacji Wielkiej Brytanii do zajęcia Gibraltaru. Memoriał stworzony z udziałem Ottona przekonał Franco, który oświadczył na posiedzeniu rządu, że jego kraj pozostanie neutralny i jest to decyzja ostateczna. Habsburg przekonywał też Franco, aby udzielił azylu uciekinierom z Francji, w tym wielu Żydom.