Sanogo od środy pozostaje w areszcie i będzie odpowiadał za próbę przewrotu, porwania ludzi i sprzeniewierzenie państwowych pieniędzy. Stojąc na czele zbuntowanych oddziałów Sanogo wywołał w marcu 2012 r. pucz wojskowy obalając legalne władze. Zginęło wtedy sześciu żołnierzy lojalnych wobec prezydenta Amadou Amani Toure, a 23 uznaje się za zaginionych. Mogli oni zostać zamordowani przez ludzi Sanogo, a ich ciała ukryto.
Pucz Sanogo doprowadził do chaosu w Mali uznawanym wcześniej za państwo względnie stabilne. To właśnie z powodu osłabienia władz centralnych i chaosu w kraju mogli zorganizować własne powstanie islamscy radykałowie w północnej części kraju. Oddziały Sanogo zwróciły się poźniej przeciwko nim, jednak także podczas wojny z islamistami popełniły wiele okrucieństw, np. torturując pojmanych rebeliantów i ich domniemanych sprzymierzeńców.
PO wojnie Sanog pozostał dowódcą "zielonych beretów" i został nawet awansowany na generała. Miał jednak wielu przeciwników zarzucających mu popełnianie przestępstw i działania przeciw legalnym władzom. Latem zbuntowała sie przeciwko niemu nawet część jego żołnierzy.
Corinne Dufka, przedstawicielka Human Rights Watch na Afrykę Zachodnią pochwaliła decyzję władz malijskich uznając proces Sanogo za triumf sprawiedliwości. Osądzenia generała-watażki, który już od dekady podważał legitymacje legalnych rządów w kraju domagały się rodziny zabitych żołnierzy.
Nowe władze Mali ukonstytuowane po pokonaniu islamistów próbują zaprowadzić w kraju porządek i odzyskać pełną kontrolę nad północą. Rejon ten pozostaje ciągle niespokojny, czego przykładem było zamordowanie na początku listopada dwojga francuskich dziennikarzy. W tej sprawie trwa intensywne dochodzenie, a władze aresztowały już 35 osób podejrzanych o udział w morderstwie lub o wspieranie islamistów.
