21 czerwca Benedykt XVI podczas wizyty w San Giovanni Rotondo dokonał inauguracji krypty w nowym kościele kapucynów zaprojektowanym przez słynnego włoskiego architekta Renza Piana. Wszyscy mogli wówczas zobaczyć imponujące dzieło słoweńskiego jezuity Marko Rupnika, jednego z najwybitniejszych artystów sztuki sakralnej, i jego pochodzących z ośmiu krajów współpracowników. Po obu stronach krypty znajduje się 36 nisz, gdzie na mozaikach przedstawiono po prawej sceny z życia św. Franciszka, a po lewej te z życia św. Ojca Pio. Wspaniałe mozaiki zajmują 2 tysiące metrów kwadratowych. To tu przeniesione zostaną szczątki Ojca Pio, obecnie wystawione w szklanym sarkofagu w starym sanktuarium.
Problem w tym, że sklepienia i mozaiki dosłownie kapią od złota. Pochodzi ono z datków, które wierni przez 20 lat przekazywali Ojcu Pio. Na stronach internetowych różnych organizacji katolickich, jak choćby www.cattoliciromani.it, czy Fides et Froma zaczęły się pojawiać liczne głosy krytyczne. Wierni piszą m.in.: „Dla mnie to wszystko oddalone jest o lata świetlne od duchowości franciszkańskiej i sposobu, w jaki działał i żył Ojciec Pio”. Komentarze czytelników pod artykułem na ten temat w elektronicznym wydaniu największej włoskiej gazety „Corriere della Sera” są jednoznaczne: „Dlaczego złoto? A gdzie wartości chrześcijańskie?”, „Niepotrzebna ostentacja!”, „Manifestacja pychy”, „Ilu nieszczęśliwym ludziom można by za te pieniądze pomóc?”.
Atakowany jest też papież: „Benedykt XVI w swoich rozważaniach przypomina, że Kościół ma na sercu wszystkich biednych na ziemi, ale gdy chodzi o przygotowanie kościelnego teatru, nie zwraca uwagi na koszty”. Dostało się też kapucynom z San Giovanni Rotondo, którzy opiekują się sanktuarium: „Franciszkanie zachowują się jak międzynarodowe koncerny turystyczne. Budują luksusowe kompleksy dla pieniędzy ściąganych z pielgrzymów. Ten ośrodek turystyczny wyzuty jest z ducha i duchowości”.
Kapucynów i kryptę, nie przebierając w środkach, bierze w obronę na łamach środowego „Libero” znany katolicki dziennikarz Renato Farina. Twierdzi, że protestują „dzieci katokomunizmu”, a protest przypomina mu słowa Judasza, gdy Maria namaściła Jezusowi nogi drogocennym olejkiem: „Czemu to nie sprzedano tego olejku za trzysta denarów i nie rozdano ubogim?”. Farina cytuje komentarz św. Jana Ewangelisty: „Powiedział zaś to nie dlatego, jakoby dbał o biednych, ale ponieważ był złodziejem”.
Rzecznik kapucynów o. Antonio Belpiede cytuje słowa papieża wypowiedziane podczas wizyty w krypcie: „To nie tylko dzieło sztuki wyjątkowego piękna, ale też wykład teologii”.