Podstawą wszczęcia postępowania przed komisją jest złożenie zawiadomienia o okolicznościach wskazujących, że mogło dojść do naruszeń. Ustawa w art. 93 wymienia podmioty zobowiązane do jego złożenia. Jeżeli następuje to na wniosek rady, to konieczne jest podjęcie uchwały. W jej treści powinno się znaleźć zobowiązanie przewodniczącego rady do przygotowania wniosku i przesłania go do właściwego rzecznika dyscypliny finansów publicznych w określonym terminie. Można także od razu zawrzeć upoważnienie dla przewodniczącego do reprezentowania jej w postępowaniu wyjaśniającym, w tym do składania w imieniu rady wszelkich pism, wniosków, wyjaśnień i oświadczeń.
W sytuacji, w której zawiadomienie złoży podmiot nieuprawniony – niewymieniony w art. 93 ust. 1 pkt 1 – 6 ustawy – np. przewodniczący rady bez podjętej przez radę uchwały, to rzecznik dyscypliny przekazuje tę informację kierownikowi jednostki, której ona dotyczy oraz organowi sprawującemu nad nią nadzór.
[srodtytul]Domniemanie niewinności[/srodtytul]
Postępowanie w sprawach o naruszenie dyscypliny finansów publicznych jest dwuinstancyjne. Orzeczenia zapadają na rozprawie lub posiedzeniu w drodze głosowania i większością głosów.
Stronami są obwiniony oraz oskarżyciel nazywany w przepisach ustawy o odpowiedzialności za naruszenie dyscypliny finansów publicznych rzecznikiem dyscypliny. Obwinionemu przysługuje prawo do obrony. Może on w trakcie całego postępowania przedstawić dowody na swoją korzyść. Może również ustanowić jednego obrońcę. Ograniczenie tego prawa stanowi podstawę do uchylenia orzeczenia wydanego w pierwszej instancji. Potwierdza to chociażby [b]orzeczenie Głównej Komisji Orzekającej z 23 czerwca 2005 r. (sygn. akt DF/GKO/Prm-3/2005/275)[/b], w którym czytamy, że oddalenie wniosku obwinionego o odroczenie rozprawy w celu zasięgnięcia przez niego porady prawnej oraz upoważnienia wybranego adwokata do obrony w sposób naganny narusza art. 74 ustawy gwarantujący każdemu prawo do obrony.