Samorządy dużych miast z reguły składają się z setek jednostek organizacyjnych. Różny jest ich stopień samodzielności i różne są sposoby ich finansowania. Sporo kłopotów stwarzają im kwestie podatku VAT.
Organ publiczny
Zasadniczo jako organy władzy publicznej samorządy nie są podatnikami, jeśli realizują swoje zadania, do których zostały powołane. Ale w praktyce bardzo często zdarza się wyjątek od tej zasady, gdy chodzi o „czynności wykonywane na podstawie zawartych umów cywilnoprawnych". Dotyczy to przede wszystkim sytuacji, gdy różne komórki organizacyjne urzędów działają jako podmioty rynkowe (np. komunikacja miejska, konkurująca z prywatnym transportem).
Kłopoty byłyby pewnie mniejsze, gdyby dana gmina rejestrowała się jako jeden podatnik. Jednakże bywa to niecelowe, bo zakładom budżetowym i innym jednostkom organizacyjnym samorządu po prostu łatwiej samodzielnie realizować swoje zadania i prowadzić własną księgowość, w tym podatkową. W rezultacie w największych miastach rejestruje się do celów VAT oddzielnie po kilkaset jednostek organizacyjnych samorządu (np. we Wrocławiu około 300).
Czy jednak wszystkie mogą tak robić? Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu w wyroku z 15 lutego 2012 r. (sygn. I SA/Po 791/11) doszedł do wniosku, że samorządowe zakłady budżetowe mają tyle samodzielności w działaniu, że powinny być rejestrowane oddzielnie i posługiwać się odrębnym NIP niż gmina (podobnie Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 18 października 2011 r. sygn. I FSK 1369/10). Ale sędziowie zupełnie inaczej potraktowali samorządowe jednostki budżetowe, m.in. dlatego, że „nie ponoszą jakiegokolwiek ryzyka ekonomicznego związanego z prowadzoną działalnością". Z kolei samorządowe jednostki kultury mogą być odrębnym podatnikiem, bo są wyodrębnione majątkowo i prawnie.
Kłopotliwe zwolnienie
Teoretycznie ułatwieniem wzajemnych rozliczeń między jednostkami samorządu jest zapisane w rozporządzeniu ministra finansów zwolnienie dla usług świadczonych sobie przez jednostki budżetowe i zakłady budżetowe. Przysparza ono jednak czasem więcej kłopotów, niż daje korzyści. Klasyczny przykład to inwestycje w infrastrukturę tramwajową.
