Mimo iż Minister przeprowadzał systematycznie kontrole w Narodowym Centrum Badań i Rozwoju dotyczące jego gospodarki finansowej oraz wykonywania zadań, to NIK stwierdziła nieprawidłowości, które wskazują na słabość nadzoru. Przygotowane przez Centrum plany ewaluacji strategicznych programów badań naukowych nie zawierały wszystkich elementów wnioskowanych przez Ministra.
NIK ocenia, że sześciu beneficjentów (m.in. Politechnika Warszawska, Politechnika Poznańska, PGNiG S.A.) realizowało projekty zgodnie z celami i terminami określonymi w umowach. Podejmowali oni pierwsze próby komercjalizacji wyników projektów, prowadzili działania promocyjne oraz dokonywali zgłoszeń patentowych.
W latach 2011-2014 liczba realizowanych projektów wspierających komercjalizację wyników badań naukowych, dofinansowanych ze środków Narodowego Centrum Badań i Rozwoju, stale się zwiększała: z 1 226 w 2011 r., poprzez 1 901 w 2013 r. do 1.506 w 2014 r. NIK zwraca uwagę na brak zintegrowanej bazy danych, zawierającej kompletną informację na temat projektów badawczych i wdrożeniowych dofinansowanych ze środków publicznych. Utworzenie takiej bazy umożliwiłoby identyfikację podobnych inicjatyw badawczych i wdrożeniowych oraz zmniejszyłoby ryzyko podwójnego finansowania badań. Jednym z celów bazy mogłoby być również upowszechnianie wyników badań realizowanych przez publiczne jednostki badawcze.
W latach 2011-2013 publiczne wsparcie finansowe na działalność innowacyjną otrzymało ponad 25 proc. aktywnych innowacyjnie przedsiębiorstw przemysłowych. W nowej perspektywie finansowej zaplanowano wsparcie przedsiębiorców oparte na dotacjach zwrotnych. W ramach Programu Operacyjnego Inteligentny Rozwój 2014-2020 przewidziano wiele instrumentów m.in.: kredyty na innowacje technologiczne, fundusze gwarancyjne.
Ustalenia kontroli NIK wskazują, że jedną z głównych barier komercjalizacji wyników badań naukowych w Polsce jest niskie zainteresowanie przedsiębiorców innowacjami. Nakłady przedsiębiorstw na działalność badawczo - rozwojową w 2014 r. wyniosły zaledwie 0,4 PKB. Poza tym w strukturze przedsiębiorstw dominują podmioty najmniejsze, zatrudniające do dziewięciu pracowników (tzw. mikroprzedsiębiorstwa), które stanowią 95 proc. ogólnej liczby przedsiębiorstw. Pozostałe podmioty to małe firmy - 3 proc., średnie - 0,9 proc. i duże - 0,2 proc. Badania wykazują tymczasem, że im mniejsza firma, tym rzadziej prowadzi działalność innowacyjną, a aktywność w tej dziedzinie wykazują głównie duże podmioty gospodarcze zatrudniające powyżej 250 pracowników.
W latach 2012-2014 działalność innowacyjną prowadziło ponad 18 proc. przedsiębiorstw przemysłowych i ponad 12 proc. usługowych. Podmioty te wprowadziły nowe lub istotnie ulepszone innowacje produktowe, procesowe (metody wytwarzania wyrobów lub wspierania procesów z zakresu logistyki i dystrybucji), organizacyjne lub marketingowe. Innowacje produktowe lub procesowe wprowadzano przede wszystkim w dwóch działach: produkcji podstawowych substancji farmaceutycznych i leków oraz produkcji chemikaliów i wyrobów chemicznych. W 2014 r. nakłady na działalność innowacyjną w sektorze przemysłowym wyniosły 24,6 mld zł, a w sektorze usług - 13 mld zł.