W kwietniu 2006 roku katowicki Oddział Instytutu Pamięci Narodowej rozpoczął śledztwo z zamiarem zbadania, czy w związku z zamachem na papieża „istniał związek przestępczy o charakterze zbrojnym, w którym brali udział funkcjonariusze służb specjalnych państw komunistycznych". Wszczęcie śledztwa IPN uzasadniał tym, że ranny w zamachu Karol Wojtyła był Polakiem, a przestępstwo można kwalifikować jako tzw. zbrodnię komunistyczną, czyli nieprzedawniający się na normalnych zasadach czyn funkcjonariusza państwa komunistycznego. Sprawa została jednak umorzona w maju.
Prokurator Michał Skwara, który prowadził to śledztwo, przez prawie osiem lat przeczytał tysiące stron dokumentów – zarówno tych już odtajnionych, jak i tych, które nadal znajdują się w zbiorze zastrzeżonym w archiwum IPN.
Za zamachem mogły stać sowieckie służby specjalne, jednak, jak to bywa w świecie tajnych służb, dowodów na to brak, są tylko poszlaki. Mgły dezinformacji, prowadzonej od dnia zamachu niemalże do dzisiaj, nie udało się do końca rozwiać.
13 maja 1981 r. na placu Świętego Piotra do papieża strzelał turecki terrorysta Mehmet Ali Agca, którego schwytano natychmiast po zamachu. W lipcu 1981 r. zaczął się jego proces i zamachowiec został skazany na dożywotnie więzienie. Włoskie śledztwo nie wyjaśniło jednak tła zamachu. W 1983 r. Jan Paweł II odwiedził Agcę w rzymskim więzieniu i długo z nim rozmawiał. W czerwcu 2000 r. prezydent Włoch Carlo Azeglio Ciampi ułaskawił zamachowca. Nakazał też jego ekstradycję do Ankary, gdzie trafił do celi za zabójstwo tureckiego dziennikarza sprzed wielu lat. W 2010 r. Agca został wypuszczony z więzienia. W sumie spędził za kratami 30 lat.
Oczy „Baszty"
Głównym celem rozpracowania wywiadu PRL w Rzymie był Jan Paweł II. Oficerów rezydentury wywiadu PRL (kryptonim „Baszta") w Wiecznym Mieście interesowało wszystko: plan papieskich podróży zagranicznych, treść homilii i dokumentów, kontakty z polskim episkopatem, polityka zagraniczna Watykanu ze szczególnym uwzględnieniem kierunku wschodniego.
Z oczywistych względów sprawą zamachu na papieża interesował się Departament I MSW, czyli wywiad PRL. Najbardziej zaangażowana w gromadzenie informacji o zamachu na Jana Pawła II była rezydentura w Rzymie. Od czasu wyboru kardynała Karola Wojtyły na papieża „Baszta" należała do najważniejszych placówek wywiadowczych PRL.
Rzymscy rezydenci Departamentu I MSW: „Canto" (Fabian Dmowski, 1975–1980), „Bralski" (Jerzy Porowski, 1980–1984), „Dis" (Maciej Dubiel, 1984–1988), „Irt" (Aleksander Makowski, 1988–1990), należeli do najlepszych oficerów wywiadu PRL. Nietuzinkową postacią był także oficer wywiadu Edward Kotowski („Pietro"), który w latach 1978–1983 pracował jako drugi sekretarz polskiej ambasady w Rzymie, gdzie realizował zlecenia powierzone mu przez wywiad i Departament IV MSW zajmujący się zwalczaniem Kościoła.