Pomysł zbudowania okrętu podwodnego dla polskiej Marynarki Wojennej był inicjatywą oddolną. Zbiórkę zarządzono w połowie lat 20. XX w. wśród zawodowych oficerów i podoficerów Wojska Polskiego. Każdy miał oddawać na ten cel pół procentu swoich poborów. Ostatecznie zgromadzenie funduszy powierzono Lidze Kolonialnej i Morskiej.
Okręt zbudowali Holendrzy, opierając się na jednej z najnowocześniejszych konstrukcji tamtych czasów znanej pod symbolem O-19. Zwodowano go 15 stycznia 1938 r. Polską banderę podniesiono rok później. Dowództwo objął wtedy komandor Henryk Kłoczowski. Ale to nie jemu okręt zawdzięcza swoją bohaterską historię.
W przeddzień wojny Kłoczowski popełnił błąd, zezwalając podoficerom nocować na lądzie. W rezultacie 1 września 1939 r., gdy Niemcy bombardowali Gdynię, okręt stał na cumach. Dopiero godzinę po nalocie, na szczęście nieuszkodzony, wyszedł w morze. Pierwszy dzień wojny spędził, leżąc na dnie, tylko czasem wynurzając się na głębokość pozwalającą na użycie peryskopu.
2 września chciano użyć "Orła", by zatopić pancernik Schleswig-Holstein, który rozpoczął II wojnę światową. Niemiecki okręt nie opuścił jednak kanału portowego, co uniemożliwiło odpalenie torped.
Dwa dni później "Orła" zaatakowały niemieckie samoloty, zrzucając bomby głębinowe. Komandor Kłoczowski doznał wtedy załamania nerwowego. 14 września postanowił, że wysiądzie na ląd w estońskim Tallinie.
