Hayabusa 2 wystrzelona została w środę rano (naszego czasu) z Centrum Kosmicznego Tanegashima. Opóźniony z powodu pogody o kilka dni start odbył się bez zakłóceń. Po godzinie i 47 min. lotu Hayabusa 2 oddzieliła się od rakiety H2-A i wyruszyła w trwającą sześć lat misję. Sonda dotrze do asteroidy 1999 JU3 w roku 2018, wyląduje na powierzchni, za pomocą ładunków wybuchowych wybije dziurę w powierzchni i pobierze próbki, a z nimi powróci na Ziemię w 2020 roku. Naukowcy mają nadzieję że zebrane próbki pomogą ujawnić pochodzenie życia.
Badacze uważają, że asteroidy są ciałami niebieskimi, które nie zmieniły się znacznie od początku istnienia Układu Słonecznego a obiekt 1999 JU3 zawiera substancje organiczne, które mogły przyczynić się do powstania życia na Ziemi.
W podobnej misji na kometę została wysłana sonda Europejskiej Agencji Kosmicznej Rosetta. Lądownik Philae przedwcześnie zakończył pracę na powierzchni komety 15 listopada, tracąc energię baterii z powodu niezbyt udanego lądowania. Osiadł w miejscu osłoniętym od Słońca, a akumulatory nie mogły zostać doładowane przez panele słoneczne.