Skargi do Trybunału Sprawiedliwości w Strasburgu (zwanego potocznie Europejskim Trybunałem Sprawiedliwości) wniosła przeciwko tym państwom Komisja Europejska. Wszystkie dotyczą zobowiązań wynikających z tzw. pierwszego pakietu kolejowego, na który złożyła się dyrektywa z 1991 r. w sprawie rozwoju kolei wspólnotowych oraz dyrektywa z 2001 r. w sprawie alokacji zdolności przepustowej infrastruktury kolejowej i pobierania opłat za użytkowanie infrastruktury kolejowej oraz przyznawania świadectw bezpieczeństwa.
W skardze przeciwko Polsce, złożonej w październiku 2010 r., Komisja podniosła cztery zarzuty. Po pierwsze, zdaniem Komisji, Polska nie przewidziała mechanizmów zapewniających niezależność decyzyjną i organizacyjną zarządcy infrastruktury - spółki Polskie Linie Kolejowe S.A. od holdingu, tj. zarówno spółki dominującej PKP S.A., jak i innych spółek zależnych holdingu będących przewoźnikami kolejowymi.
Po drugie, Polska nie podjęła - według Komisji - właściwych środków, by zapewnić osiągnięcie przez zarządcę infrastruktury PLK S.A. równowagi finansowej w stosownym czasie. Polska dopuściła bowiem, by PLK S.A. kumulowała straty do 2012 r.
Po trzecie, Komisja zarzuciła naszemu krajowi, że nie przewidział szczególnego systemu zachęt w celu zmniejszenia kosztów i opłat za korzystanie z infrastruktury kolejowej.
Po czwarte, zdaniem Komisji, Polska nie podjęła - wbrew zobowiązaniom - należytych środków, by opłaty za minimalny dostęp do infrastruktury kolejowej były obliczane na podstawie kosztów bezpośrednio ponoszonych w wyniku przewozu pociągiem. Ponadto - jak zarzuciła Komisja - Polska nie przewidziała mechanizmu kontrolnego pozwalającego na sprawdzenie, czy różne segmenty rynku są w stanie unieść podwyższone opłaty za dostęp i korzystanie z infrastruktury kolejowej.
