Z inicjatywy Andrzeja Wajdy i Krystyny Zachwatowicz powstały m.in. Muzeum Sztuki i Techniki Japońskiej Manggha, Galerii Europa-Daleki Wschód i Pawilon Wyspiańskiego w Krakowie oraz Mazowieckie Centrum Sztuki Współczesnej „Elektrownia” w Radomiu.
Na wybudowanie Centrum Sztuki i Techniki Japońskiej „Manggha” Andrzej Wajda przeznaczył japońską Nagrodę Kioto, którą otrzymał w 1987 roku za twórczość filmową i teatralną. Manggha, zaprojektowana przez wybitnego japońskiego architekta Arata Isozaki, powstała specjalnie z myślą o stworzeniu miejsca dla znakomitej kolekcji sztuki japońskiej, zgromadzonej przez krakowskiego kolekcjonera Feliksa Mangghę Jasieńskiego. Otwarto je w 1994 roku. Dziś mieści w nim także Archiwum Andrzeja Wajdy, obejmujące jego filmowy dorobek, szkicowniki, korespondencję i wiele innych cennych materiałów.
Jeszcze niedawno reżyser wspominał: „Aby coś wybudować, trzeba zacząć od architekta. Aratę Isozaki podpowiedział nam Krzysztof Ingarden. Isozaki podjął ideę i nie tylko stworzył projekt przyszłego muzeum, ale i podarował go naszej Fundacji. To on zdecydował, że ma ono stanąć na Dębnikach nad Wisłą, naprzeciw Wawelu. Kraków nie myślał wówczas o jakichkolwiek inwestycjach kulturalnych w tym miejscu. Była to część miasta nieciesząca się dobrą sławą. Pani Dulska ze sztuki Zapolskiej, gdy jej syn zadał się ze służącą, skarżyła się, że w związku z zaistniałą sytuacją towarzyską „przyjdzie się wyprowadzić na Dębniki”. My wyprowadziliśmy się na Dębniki bez obaw, a za nami poszli inni i dziś ta strona Wisły jest miejscem wielu wspaniałych manifestacji architektoniczno-artystycznych.”
Potem reżyser stał się pomysłodawcą i orędownikiem Galerii Europa-Daleki Wschód w Krakowie według architektonicznego projektu Krzysztofa Ingardena, otwartej obok Mangghi w 2015 roku, która poszerzyła jej geograficzny zasięg i działalność o współczesną sztukę. Andrzej Wajda był także pomysłodawcą nazwy tej galerii.
Z kolei pomysł wybudowania Pawilonu Wyspiańskiego Andrzej Wajda zgłosił w 1998 roku, gdy Kraków przygotowywał się do objęcia funkcji Europejskiej Stolicy Kultury w roku 2000. W tej idei chodziło przede wszystkim o stworzenie miejsca dla ekspozycji projektowanych, ale niezrealizowanych trzech witraży Stanisława Wyspiańskiego. Pawilon według architektonicznego projektu Krzysztofa Ingardena (Ingarden & Ewý Architekci) zbudowano przy Placu Wszystkich Świętych w latach 2005 – 2007. A witraże wg Wyspiańskiego, przedstawiające św. Stanisława oraz polskich królów Kazimierza Wielkiego i Henryka Pobożnego wykonał Piotr Ostrowski przy współpracy artystycznej Andrzeja Wajdy. Pawilon pełni zarazem rolę centrum informacji kulturalnej i turystycznej miasta Krakowa.
