Płatność czynszu najmu za lokal jest podstawowym obowiązkiem najemcy wobec wynajmującego. Od kilku lat nie istnieje już obowiązek wyrażania zobowiązań pieniężnych wyłącznie w złotych. W obiektach biurowych standardem jest ustalanie czynszu jako równowartości w złotych kwoty określonej w walucie obcej, głównie w euro. W najmach lokali handlowych z reguły ustala się czynsz podstawowy (minimalny) w określonej kwocie, a ponadto tzw. czynsz od obrotów najemcy związany z działalnością w lokalu.
Jeżeli jest on wyższy niż czynsz podstawowy, najemca płaci wyższą kwotę. W negocjacjach często strony poświęcają dłuższą chwilę definicji obrotów, która może uwzględniać, lub nie, „obroty" w ramach akcji promocyjnych, rabaty, sprzedaż internetową realizowaną z lokalu itp.
W praktyce zdarza się, że w zamian za zwolnienie z obowiązku płacenia czynszu w całości lub w części przez pewien okres najemca zobowiązuje się do innych świadczeń wobec wynajmującego, np. do wykonania remontu lokalu. W takim przypadku pamiętać należy, że tak ustalone zasady płatności czynszu nie powodują przekształcenia się umowy najmu z umowy odpłatnej w nieodpłatną.
W związku z powyższym, jeżeli obie strony umowy najmu są podatnikami VAT, wynajmujący powinien wystawić najemcy fakturę VAT obejmującą pełną wysokość czynszu (bez uwzględnienia zwolnienia z czynszu), a najemca z kolei powinien wystawić wynajmującemu fakturę obejmującą kwotę nakładów poniesionych na remont. Jednocześnie czynsz zapłacony wynajmującemu w powyższy sposób stanowi przychód wynajmującego, od którego powinien on odprowadzić należny podatek.
Należy pamiętać, że aby mówić o najmie, za korzystanie z lokalu musi być należny czynsz. Jeżeli strony przewidują zatem tzw. okresy bezczynszowe (rent free period), to całość czynszu wynikającego z umowy jest należna za cały okres najmu, w tym także za okres bezczynszowy. Jeżeli uznalibyśmy, że za okres bezczynszowy czynsz w ogóle nie jest należny, to mielibyśmy w tym okresie do czynienia nie z najmem, lecz z użyczeniem.
