W przeszłości Marek Utracki działał z Antonim Macierewiczem w Lidze Polskich Rodzin. Później zasiadał w kierowanej przez tego drugiego komisji weryfikacyjnej ds. WSI. Incydent związany z wynoszeniem niejawnych dokumentów miał miejsce na początku 2007 roku.
Sprawa wyszła na jaw przy okazji sporu Macierewicza z Radosławem Sikorskim, ówczesnym szefem MON w rządzie PiS. Sikorski wysłał do premiera Jarosława Kaczyńskiego wniosek o odwołanie Antoniego Macierewicza ze stanowiska szefa Służby Kontrwywiadu Wojskowego.
Powód? Chodziło m.in. o to, że Macierewicz i jego nieetatowy sekretarz Marek Utracki nie rozliczyli się „z dwunastu dokumentów tajnych, poufnych i zastrzeżonych". Zdaniem Sikorskiego, powinni zwrócić dokumenty, gdy wraz z powołaniem na stanowisko szefa SKW Antoni Macierewicz został odwołany z funkcji wiceministra obrony.
Sprawę badała prokuratura. W lutym 2007 roku zastępca prokuratora generalnego Jerzy Engelking informował w Sejmie, że to Marek Utracki został upoważniony do pobrania z kancelarii tajnej dokumentów stanowiących tajemnicę państwową. Prokurator dodał, że z 12 dokumentów 11 zostało już zwróconych.
– Cała sprawa była efektem walki politycznej Radosława Sikorskiego z Antonim Macierewiczem – komentuje wiceminister obrony Bartosz Kownacki. Kandydaturę Utrackiego na wiceszefa SKW zaopiniowała już pozytywnie Sejmowa Komisja ds. Służb Specjalnych.