Część niezgodności zostanie jednak usunięta. Znamiennym przykładem mogą być przepisy dotyczące kaucji gwarancyjnej obowiązkowej dla nowych podatników ubiegających się o zwrot podatku. Kwestią tą zajmował się w ostatnim czasie Europejski Trybunał Sprawiedliwości (sprawa C-25/07 Sosnowska przeciwko dyrektorowi Izby Skarbowej we Wrocławiu). W wyroku ETS wyraźnie wskazał na niezgodność polskich przepisów z dyrektywą 2006/112/WE w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (dyrektywa 112).
W kwestii terminu zwrotu podatku ETS wypowiedział się już wcześniej. W sprawie C-78/00 (Komisja przeciwko Republice Włoskiej) stwierdził, iż zwrot nadwyżki naliczonego VAT nie może się wiązać z ryzykiem finansowym dla podatnika i z tego względu powinien następować w rozsądnym czasie. Mimo braku wskazania definicji pojęcia „rozsądnego czasu” trudno twierdzić, że obowiązujące 180 dni to rozsądny termin. Nowelizacja ustawy o VAT skraca ten termin do 60 dni.
W nowelizacji przewidziana została również zmiana zakresu czynności wyłączonych z opodatkowania VAT, tj. wyłączenie transakcji zbycia zorganizowanej części przedsiębiorstwa (na mocy obowiązującej ustawy wyłączona była transakcja zbycia zakładu „oddziału” samodzielnie sporządzającego bilans). Zmiana ta wydaje się mieć swe źródło w wyroku ETS (sprawa C-497/01 Zita Modes) stwierdzającym, że wyłączenie z opodatkowania VAT (jeśli zostało przewidziane w prawie krajowym) powinno mieć zastosowanie do jakiegokolwiek przeniesienia własności przedsiębiorstwa lub jego samodzielnej części.
[srodtytul]Wpływ na konkurencyjność[/srodtytul]
Poza aspektem prawnym istniejące obecnie niezgodności mają także realny negatywny wpływ na konkurencyjność polskich przedsiębiorstw. Kluczowym aspektem przystąpienia do Unii było bowiem m.in. włączenie Polski do wspólnego rynku. Dlatego niezwykle ważne jest zapewnienie konkurencyjności polskich podatników, również poprzez ujednolicenie przepisów VAT.