Najwięcej emocji wywołał konflikt o krzyż przed Pałacem Prezydenckim na Krakowskim Przedmieściu. 15 kwietnia 2010 r. ustawili go tam harcerze. Został w tym miejscu po zakończeniu żałoby, a ludzie nadal przychodzili się pod niego modlić i zapalać znicze. Pojawiła się też na nim tabliczka głosząca, że ten krzyż to apel harcerzy i harcerek do władz i społeczeństwa o zbudowanie w tym miejscu pomnika.
Z czasem zaczęły pojawiać się pierwsze głosy, że krzyż musi zostać przeniesiony. W ten sposób wypowiadała się m.in. stołeczna konserwator zabytków Ewa Nekanda-Trepka. Jednak konflikt z całą mocą wybuchł po udzieleniu przez prezydenta elekta Bronisława Komorowskiego 10 lipca wywiadu dla „Gazety Wyborczej", w którym stwierdził, że „krzyż przed Pałacem Prezydenckim to symbol religijny, więc zostanie we współdziałaniu z władzami kościelnymi przeniesiony w inne, bardziej odpowiednie miejsce". W odpowiedzi politycy PiS stwierdzili, że to atak ze strony prezydenta na symbol religijny. Sprawa stała się przedmiotem politycznego sporu, a przed krzyżem zaczęli pojawiać się jego pierwsi obrońcy.
20 lipca wydawało się, że spór został rozwiązany. Zawarte zostało porozumienie między Kancelarią Prezydenta, Kurią Warszawską, Duszpasterstwem Akademickim, harcerzami z ZHR i ZHP. Zakładało ono, że krzyż zostanie przeniesiony w procesji z oprawa liturgiczną do pobliskiego kościoła św. Anny. Trafić miał do kaplicy loretańskiej, gdzie znajduje się pomnik katyński. Krzyż miał też być niesiony podczas jubileuszowej 30. Warszawskiej Akademickiej Pielgrzymki Metropolitalnej na Jasną Górę, której przesłanie brzmiało: „Przez Krzyż". W porozumieniu znalazł się też zapis, że ofiary katastrofy zostaną w tym miejscu godnie upamiętnione.
Jednak kiedy 3 sierpnia przed pałac udała się uroczysta procesja złożona z księży i harcerzy, by przenieść krzyż, napotkała na opór jego obrońców. Doszło do przepychanek i szarpaniny ze strażą miejską. Posypały się wyzwiska i obraźliwe okrzyki. Aby nie dopuścić do gorszących scen, księża zdecydowali o rezygnacji z przeniesienia krzyża. Od tej chwili przed krzyżem jego obrońcy czuwali dniem i nocą.
Sytuacja wywołała ogólnopolską dyskusję na temat miejsca krzyża w polskim życiu publicznym. Pojawiły się ataki na Kościół i zarzuty, że zagrożona jest świeckość państwa. Na portalu Facebook rozpropagowano „Akcję krzyż" – 9 sierpnia przed Pałacem Prezydenckim zebrało się kilka tysięcy osób domagających się przeniesienia krzyża z tego miejsca. Następnego dnia na Krakowskim Przedmieściu odbył się pierwszy marsz pamięci o ofiarach katastrofy. Organizowały go środowiska związane z „Gazetą Polską". Po mszy św. w archikatedrze św. Jana tysiące ludzi przeszło z pochodniami pod krzyż. Na miejscu rozlegały się śpiewy, głośne modlitwy i okrzyki „chcemy prawdy!".