„W ukryciu" opowiada o spotkaniu dwóch kobiet, Janki (Magdalena Boczarska) i Ester (Julia Pogrebińska), pięknej Żydówki ukrywającej się w domu przyjaciół. Między kobietami nawiązuje się nić porozumienia, która szybko przeradza się w relację erotyczną. Wojenna zawierucha i towarzyszące jej emocje sprawiają, że dla bohaterek uczucie staje się obsesją.
Pierwotnie bohaterki „W ukryciu" miały być nastoletnimi dziewczynami, ale Kidawa-Błoński przyznaje, że nie łatwo było znaleźć odpowiednie aktorki do ról Janki i Ester. Wtedy twórcy zdecydowali się na drobne zmiany w scenariuszu, by móc zaangażować do filmu Magdalenę Boczarską, która współpracowała z reżyserem przy „Różyczce", oraz świeżą absolwentkę szkoły teatralnej, Julię Pogrebińską.